RNA–Protein interactions for RNA: YOL054W

PSH1, Transcript of E3 ubiquitin ligase targeting centromere-binding protein Cse4p, yeast

Gene PSH1, Length 1,221 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PSH1	YOL054W	MPC54	Q08550	464 aa		8.21	□□□□□ -1.1
PSH1	YOL054W	KEX1	P09620	729 aa		8.2	□□□□□ -1.1
PSH1	YOL054W	BRL1	P38770	471 aa		8.2	□□□□□ -1.1
PSH1	YOL054W	PTC2	P39966	464 aa	Known RBP	8.2	□□□□□ -1.1
PSH1	YOL054W	TAF2	P23255	1407 aa		8.19	□□□□□ -1.1
PSH1	YOL054W	SSA2	P10592	639 aa	Known RBP	8.18	□□□□□ -1.1
PSH1	YOL054W	PCS60	P38137	543 aa	Known RBP RIP-Chip data	8.17	□□□□□ -1.1	not detected
PSH1	YOL054W	TFB3	Q03290	321 aa		8.17	□□□□□ -1.1
PSH1	YOL054W	PEP1	P32319	1579 aa		8.15	□□□□□ -1.1
PSH1	YOL054W	POL1	P13382	1468 aa		8.15	□□□□□ -1.1
PSH1	YOL054W	NMA111	P53920	997 aa		8.15	□□□□□ -1.1
PSH1	YOL054W	CSN12	P47130	423 aa		8.14	□□□□□ -1.11
PSH1	YOL054W	RGA2	Q06407	1009 aa		8.14	□□□□□ -1.11
PSH1	YOL054W	STU1	P38198	1513 aa		8.13	□□□□□ -1.11
PSH1	YOL054W	SLI15	P38283	698 aa		8.12	□□□□□ -1.11
PSH1	YOL054W	TEA1	P47988	759 aa		8.12	□□□□□ -1.11
PSH1	YOL054W	YTA7	P40340	1379 aa		8.11	□□□□□ -1.11
PSH1	YOL054W	BPT1	P14772	1559 aa		8.11	□□□□□ -1.11
PSH1	YOL054W	ORC6	P38826	435 aa		8.1	□□□□□ -1.11
PSH1	YOL054W	DPL1	Q05567	589 aa		8.09	□□□□□ -1.11
PSH1	YOL054W	YPK9	Q12697	1472 aa		8.08	□□□□□ -1.12
PSH1	YOL054W	RPP1B	P10622	106 aa	Known RBP	8.08	□□□□□ -1.12
PSH1	YOL054W	CLB5	P30283	435 aa		8.08	□□□□□ -1.12
PSH1	YOL054W	ATG2	P53855	1592 aa		8.08	□□□□□ -1.12
PSH1	YOL054W	RAS1	P01119	309 aa		8.06	□□□□□ -1.12
PSH1	YOL054W	YPR015C	Q12531	247 aa		8.06	□□□□□ -1.12
PSH1	YOL054W	PKC1	P24583	1151 aa		8.05	□□□□□ -1.12
PSH1	YOL054W	RGA1	P39083	1007 aa		8.05	□□□□□ -1.12
PSH1	YOL054W	RGR1	P19263	1082 aa		8.03	□□□□□ -1.12
PSH1	YOL054W	RAM1	P22007	431 aa		8.03	□□□□□ -1.12
PSH1	YOL054W	YJL007C	P47080	104 aa		8.03	□□□□□ -1.12
PSH1	YOL054W	YMR196W	Q04336	1088 aa		8.02	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	UFD4	P33202	1483 aa		8.01	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	MYO4	P32492	1471 aa		8	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	BIM1	P40013	344 aa		8	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	RPL34B	P40525	121 aa	Known RBP	8	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	MVP1	P40959	511 aa	Known RBP	8	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	CSC1	Q06538	782 aa		8	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	ISU2	Q12056	156 aa		8	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	YOR1	P53049	1477 aa		8	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	RKR1	Q04781	1562 aa		7.99	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	TYW1	Q08960	810 aa	Known RBP	7.99	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	GLN1	P32288	370 aa	Known RBP	7.98	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	YCF1	P39109	1515 aa	Known RBP	7.98	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	KTR1	P27810	393 aa	Known RBP	7.97	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	YBL036C	P38197	257 aa		7.97	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	PEX21	P50091	288 aa		7.97	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	SCC2	Q04002	1493 aa		7.97	□□□□□ -1.13
PSH1	YOL054W	YPR109W	Q06104	294 aa		7.96	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	TRM732	Q03496	1420 aa		7.95	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	RPO31	P04051	1460 aa		7.95	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	ATG32	P40458	529 aa		7.95	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	NIS1	P53939	407 aa		7.95	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	GAP1	P19145	602 aa	Predicted RBP	7.94	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	HST2	P53686	357 aa		7.94	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	FPK1	P53739	893 aa		7.94	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	CDC73	Q06697	393 aa		7.94	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	TFB4	Q12004	338 aa		7.94	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	MMP1	Q12372	583 aa		7.94	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	IKI3	Q06706	1349 aa	Known RBP	7.94	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	PKH3	Q03306	898 aa	Predicted RBP	7.93	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	SMC4	Q12267	1418 aa		7.93	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	SSA1	P10591	642 aa	Known RBP	7.92	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	AMS1	P22855	1083 aa		7.92	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	GYP1	Q08484	637 aa		7.92	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	TOP2	P06786	1428 aa	Known RBP	7.92	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	TIF1	P10081	395 aa	Known RBP	7.9	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	SSA4	P22202	642 aa	Known RBP	7.9	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	SUB2	Q07478	446 aa	Known RBP	7.9	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	RAD59	Q12223	238 aa		7.9	□□□□□ -1.14
PSH1	YOL054W	ESS1	P22696	170 aa		7.89	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	NUP170	P38181	1502 aa		7.88	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	PDR1	P12383	1068 aa		7.88	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TRK1	P12685	1235 aa		7.88	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	SDH2	P21801	266 aa		7.88	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	CSE4	P36012	229 aa		7.88	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	GEF1	P37020	779 aa		7.88	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TUM1	Q08686	304 aa	Known RBP	7.87	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	SNQ2	P32568	1501 aa	Known RBP	7.87	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	ARG8	P18544	423 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	SCJ1	P25303	377 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	BIO2	P32451	375 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	SAS4	Q04003	481 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TY2B-LR1	P0C2J3	1770 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TY2B-F	P0CX63	1770 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TY2B-GR2	P0CX64	1770 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TY2B-C	P25384	1770 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TY2B-DR2	Q03494	1770 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TY1B-DR1	Q03855	1755 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TY2B-DR3	Q07791	1770 aa	Known RBP	7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TY2B-OR1	Q12113	1770 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TY2B-DR1	Q12472	1770 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TY2B-OR2	Q12501	1770 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	TY1B-DR3	Q99231	1755 aa		7.86	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	RTG2	P32608	588 aa	Known RBP	7.85	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	YPR204W	Q08995	1032 aa		7.85	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	SPP41	P38904	1435 aa		7.85	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	ERG12	P07277	443 aa		7.84	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	SIT4	P20604	311 aa		7.84	□□□□□ -1.15
PSH1	YOL054W	YNL108C	P53929	270 aa		7.84	□□□□□ -1.15

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