RNA–Protein interactions for RNA: YOL054W

PSH1, Transcript of E3 ubiquitin ligase targeting centromere-binding protein Cse4p, yeast

Gene PSH1, Length 1,221 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PSH1	YOL054W	MTC1	P47018	478 aa	Known RBP	14.99	□□□□□ -0.01
PSH1	YOL054W	FAP1	P53971	965 aa		14.3	□□□□□ -0.12
PSH1	YOL054W	DRS1	P32892	752 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PSH1	YOL054W	PRY3	P47033	881 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PSH1	YOL054W	PRI1	P10363	409 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PSH1	YOL054W	AAD16	Q02895	342 aa		13.08	□□□□□ -0.32
PSH1	YOL054W	YCK3	P39962	524 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PSH1	YOL054W	HAA1	Q12753	694 aa	Known RBP	12.63	□□□□□ -0.39
PSH1	YOL054W	ISW2	Q08773	1120 aa		12.57	□□□□□ -0.4
PSH1	YOL054W	RPG1	P38249	964 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PSH1	YOL054W	TSR3	Q12094	313 aa	Known RBP	12.3	□□□□□ -0.44
PSH1	YOL054W	BFR2	Q06631	534 aa	Known RBP	12.25	□□□□□ -0.45
PSH1	YOL054W	DIP2	Q12220	943 aa	Predicted RBP	11.87	□□□□□ -0.51
PSH1	YOL054W	TFA1	P36100	482 aa		11.82	□□□□□ -0.52
PSH1	YOL054W	MRPL32	P25348	183 aa		11.81	□□□□□ -0.52
PSH1	YOL054W	RSE1	Q04693	1361 aa	Known RBP	11.68	□□□□□ -0.54
PSH1	YOL054W	YGL015C	P33199	130 aa		11.56	□□□□□ -0.56
PSH1	YOL054W	AVT3	P36062	692 aa		11.55	□□□□□ -0.56
PSH1	YOL054W	RPL17A	P05740	184 aa	Known RBP	11.37	□□□□□ -0.59
PSH1	YOL054W	RPL17B	P46990	184 aa	Known RBP	11.37	□□□□□ -0.59
PSH1	YOL054W	REB1	P21538	810 aa		11.36	□□□□□ -0.59
PSH1	YOL054W	CDC27	P38042	758 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PSH1	YOL054W	BUD31	P25337	157 aa	Predicted RBP	10.94	□□□□□ -0.66
PSH1	YOL054W	YKR023W	P36119	530 aa	Known RBP	10.91	□□□□□ -0.66
PSH1	YOL054W	UBP10	P53874	792 aa	Predicted RBP	10.88	□□□□□ -0.67
PSH1	YOL054W	MAP2	P38174	421 aa	Known RBP	10.85	□□□□□ -0.67
PSH1	YOL054W	SPT21	P35209	758 aa		10.84	□□□□□ -0.67
PSH1	YOL054W	RQC2	Q12532	1038 aa	Known RBP	10.72	□□□□□ -0.69
PSH1	YOL054W	TFC8	Q12308	588 aa		10.68	□□□□□ -0.7
PSH1	YOL054W	HO	P09932	586 aa		10.66	□□□□□ -0.7
PSH1	YOL054W	DCD1	P06773	312 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PSH1	YOL054W	SCY1	P53009	804 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PSH1	YOL054W	TIF4632	P39936	914 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PSH1	YOL054W	TGL3	P40308	642 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PSH1	YOL054W	SLX5	P32828	619 aa	Known RBP	10.39	□□□□□ -0.75
PSH1	YOL054W	SIS1	P25294	352 aa	Known RBP	10.31	□□□□□ -0.76
PSH1	YOL054W	RIM101	P33400	625 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PSH1	YOL054W	UBP9	P39967	754 aa		10.31	□□□□□ -0.76
PSH1	YOL054W	BCH2	P36122	765 aa		10.3	□□□□□ -0.76
PSH1	YOL054W	PTP3	P40048	928 aa		10.02	□□□□□ -0.81
PSH1	YOL054W	EPS1	P40557	701 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PSH1	YOL054W	BDF1	P35817	686 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PSH1	YOL054W	DMA1	P38823	416 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PSH1	YOL054W	OXP1	P28273	1286 aa		9.94	□□□□□ -0.82
PSH1	YOL054W	MST1	P07236	462 aa		9.92	□□□□□ -0.82
PSH1	YOL054W	YBL029C-A	Q3E756	94 aa		9.83	□□□□□ -0.84
PSH1	YOL054W	SSP1	P38871	571 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PSH1	YOL054W	YOR238W	Q08634	303 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PSH1	YOL054W	INO80	P53115	1489 aa		9.77	□□□□□ -0.85
PSH1	YOL054W	NSR1	P27476	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	9.75	□□□□□ -0.85	not detected
PSH1	YOL054W	YIL055C	P40523	627 aa	Known RBP	9.75	□□□□□ -0.85
PSH1	YOL054W	MON2	P48563	1636 aa	Predicted RBP	9.74	□□□□□ -0.85
PSH1	YOL054W	VNX1	P42839	908 aa		9.73	□□□□□ -0.85
PSH1	YOL054W	YAH1	Q12184	172 aa	Known RBP	9.67	□□□□□ -0.86
PSH1	YOL054W	ARP8	Q12386	881 aa	Known RBP RIP-Chip data	9.66	□□□□□ -0.86	not detected
PSH1	YOL054W	BBC1	P47068	1157 aa		9.65	□□□□□ -0.86
PSH1	YOL054W	RSM7	P47150	247 aa		9.64	□□□□□ -0.87
PSH1	YOL054W	YAP5	P40574	245 aa		9.63	□□□□□ -0.87
PSH1	YOL054W	AI2	P03876	854 aa		9.61	□□□□□ -0.87
PSH1	YOL054W	SPP1	Q03012	353 aa		9.6	□□□□□ -0.87
PSH1	YOL054W	WSC3	Q12215	556 aa		9.56	□□□□□ -0.88
PSH1	YOL054W	AIR2	Q12476	344 aa	Known RBP	9.51	□□□□□ -0.89
PSH1	YOL054W	YLR271W	Q06152	274 aa		9.5	□□□□□ -0.89
PSH1	YOL054W	TIF11	P38912	153 aa	Known RBP	9.48	□□□□□ -0.89
PSH1	YOL054W	FKH1	P40466	484 aa		9.46	□□□□□ -0.9
PSH1	YOL054W	GTT3	P39996	337 aa		9.42	□□□□□ -0.9
PSH1	YOL054W	YJL171C	P46992	396 aa		9.42	□□□□□ -0.9
PSH1	YOL054W	MGA2	P40578	1113 aa		9.4	□□□□□ -0.9
PSH1	YOL054W	TAF7	Q05021	590 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PSH1	YOL054W	LDB19	Q12502	818 aa		9.34	□□□□□ -0.91
PSH1	YOL054W	SGS1	P35187	1447 aa		9.33	□□□□□ -0.92
PSH1	YOL054W	IOC2	Q12072	812 aa		9.33	□□□□□ -0.92
PSH1	YOL054W	ULI1	P43604	169 aa		9.32	□□□□□ -0.92
PSH1	YOL054W	DNA2	P38859	1522 aa		9.31	□□□□□ -0.92
PSH1	YOL054W	LEO1	P38439	464 aa		9.3	□□□□□ -0.92
PSH1	YOL054W	PSD2	P53037	1138 aa	Known RBP	9.29	□□□□□ -0.92
PSH1	YOL054W	PIB1	Q06651	286 aa		9.29	□□□□□ -0.92
PSH1	YOL054W	CST9	Q06032	482 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PSH1	YOL054W	BMT6	Q12291	365 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PSH1	YOL054W	MRM1	P25270	412 aa		9.21	□□□□□ -0.94
PSH1	YOL054W	SAS10	Q12136	610 aa	Predicted RBP	9.2	□□□□□ -0.94
PSH1	YOL054W	MSB4	Q12317	492 aa		9.2	□□□□□ -0.94
PSH1	YOL054W	SPA2	P23201	1466 aa	Known RBP	9.19	□□□□□ -0.94
PSH1	YOL054W	EAP1	P36041	632 aa	Known RBP	9.16	□□□□□ -0.94
PSH1	YOL054W	LEU3	P08638	886 aa		9.14	□□□□□ -0.95
PSH1	YOL054W	SWR1	Q05471	1514 aa		9.13	□□□□□ -0.95
PSH1	YOL054W	YOL036W	Q08206	761 aa		9.11	□□□□□ -0.95
PSH1	YOL054W	RTG1	P32607	177 aa		9.1	□□□□□ -0.95
PSH1	YOL054W	SET4	P42948	560 aa		9.1	□□□□□ -0.95
PSH1	YOL054W	TRP5	P00931	707 aa	Known RBP	9.09	□□□□□ -0.95
PSH1	YOL054W	KOG1	P38873	1557 aa		9.07	□□□□□ -0.96
PSH1	YOL054W	NCR1	Q12200	1170 aa		9.07	□□□□□ -0.96
PSH1	YOL054W	VPS29	P38759	282 aa		9.06	□□□□□ -0.96
PSH1	YOL054W	YMR1	P47147	688 aa	Known RBP RIP-Chip data	9.05	□□□□□ -0.96	not detected
PSH1	YOL054W	SSN2	P38931	1420 aa		9.05	□□□□□ -0.96
PSH1	YOL054W	DBP1	P24784	617 aa	Known RBP	9.04	□□□□□ -0.96
PSH1	YOL054W	YNL035C	P53962	389 aa	Known RBP	9.03	□□□□□ -0.96
PSH1	YOL054W	SEC61	P32915	480 aa		9.02	□□□□□ -0.97
PSH1	YOL054W	VMA1	P17255	1071 aa	Known RBP	8.99	□□□□□ -0.97
PSH1	YOL054W	YFR006W	P43590	535 aa		8.99	□□□□□ -0.97

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