RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000588410.1

TPM4-208, Transcript of tropomyosin 4, human

TSL 4

Gene TPM4, Length 563 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TPM4-208	ENST00000588410	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	33.34	■■■□□ 2.93
TPM4-208	ENST00000588410	SHROOM2	Q13796	1616 aa		33.33	■■■□□ 2.93
TPM4-208	ENST00000588410	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		33.28	■■■□□ 2.92
TPM4-208	ENST00000588410	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		33.26	■■■□□ 2.91
TPM4-208	ENST00000588410	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		33.1	■■■□□ 2.89
TPM4-208	ENST00000588410	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		32.98	■■■□□ 2.87
TPM4-208	ENST00000588410	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	32.96	■■■□□ 2.87
TPM4-208	ENST00000588410	IQGAP2	Q13576	1575 aa		32.96	■■■□□ 2.87
TPM4-208	ENST00000588410	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	32.93	■■■□□ 2.86
TPM4-208	ENST00000588410	PTPRG	P23470	1445 aa		32.92	■■■□□ 2.86
TPM4-208	ENST00000588410	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		32.89	■■■□□ 2.86
TPM4-208	ENST00000588410	PRX	Q9BXM0	1461 aa		32.85	■■■□□ 2.85
TPM4-208	ENST00000588410	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		32.83	■■■□□ 2.85
TPM4-208	ENST00000588410	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		32.77	■■■□□ 2.84
TPM4-208	ENST00000588410	DISP1	Q96F81	1524 aa		32.77	■■■□□ 2.84
TPM4-208	ENST00000588410	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		32.76	■■■□□ 2.83
TPM4-208	ENST00000588410	EEA1	Q15075	1411 aa		32.74	■■■□□ 2.83
TPM4-208	ENST00000588410	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		32.67	■■■□□ 2.82
TPM4-208	ENST00000588410	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	32.67	■■■□□ 2.82
TPM4-208	ENST00000588410	MAPKBP1	O60336	1514 aa		32.67	■■■□□ 2.82
TPM4-208	ENST00000588410	UACA	Q9BZF9	1416 aa		32.65	■■■□□ 2.82
TPM4-208	ENST00000588410	GOLGA3	Q08378	1498 aa		32.64	■■■□□ 2.82
TPM4-208	ENST00000588410	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		32.64	■■■□□ 2.82
TPM4-208	ENST00000588410	KIAA0556	O60303	1618 aa		32.63	■■■□□ 2.81
TPM4-208	ENST00000588410	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		32.62	■■■□□ 2.81
TPM4-208	ENST00000588410	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		32.62	■■■□□ 2.81
TPM4-208	ENST00000588410	ABCC2	Q92887	1545 aa		32.61	■■■□□ 2.81
TPM4-208	ENST00000588410	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		32.6	■■■□□ 2.81
TPM4-208	ENST00000588410	DIP2B	Q9P265	1576 aa		32.48	■■■□□ 2.79
TPM4-208	ENST00000588410	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		32.47	■■■□□ 2.79
TPM4-208	ENST00000588410	ASXL2	Q76L83	1435 aa		32.46	■■■□□ 2.79
TPM4-208	ENST00000588410	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		32.46	■■■□□ 2.79
TPM4-208	ENST00000588410	P3H3	Q8IVL6	736 aa		32.45	■■■□□ 2.79
TPM4-208	ENST00000588410	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		32.43	■■■□□ 2.78
TPM4-208	ENST00000588410	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	32.39	■■■□□ 2.78
TPM4-208	ENST00000588410	KIF21B	O75037	1637 aa		32.33	■■■□□ 2.77
TPM4-208	ENST00000588410	ABCA8	O94911	1581 aa		32.31	■■■□□ 2.76
TPM4-208	ENST00000588410	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		32.3	■■■□□ 2.76
TPM4-208	ENST00000588410	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	32.29	■■■□□ 2.76
TPM4-208	ENST00000588410	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	32.27	■■■□□ 2.76
TPM4-208	ENST00000588410	SAMD9	Q5K651	1589 aa		32.25	■■■□□ 2.75
TPM4-208	ENST00000588410	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	32.25	■■■□□ 2.75
TPM4-208	ENST00000588410	GLI2	P10070	1586 aa		32.24	■■■□□ 2.75
TPM4-208	ENST00000588410	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		32.22	■■■□□ 2.75
TPM4-208	ENST00000588410	ARID3C	A6NKF2	412 aa		32.21	■■■□□ 2.75
TPM4-208	ENST00000588410	KCNH8	Q96L42	1107 aa		32.17	■■■□□ 2.74
TPM4-208	ENST00000588410	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		32.17	■■■□□ 2.74
TPM4-208	ENST00000588410	TSPOAP1	O95153	1857 aa		32.13	■■■□□ 2.73
TPM4-208	ENST00000588410	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	32.11	■■■□□ 2.73
TPM4-208	ENST00000588410	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	32.11	■■■□□ 2.73
TPM4-208	ENST00000588410	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		32.1	■■■□□ 2.73
TPM4-208	ENST00000588410	ATP10B	O94823	1461 aa		32.1	■■■□□ 2.73
TPM4-208	ENST00000588410	KDM6B	O15054	1643 aa		32.1	■■■□□ 2.73
TPM4-208	ENST00000588410	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		32.05	■■■□□ 2.72
TPM4-208	ENST00000588410	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		32.05	■■■□□ 2.72
TPM4-208	ENST00000588410	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		32.02	■■■□□ 2.72
TPM4-208	ENST00000588410	CD109	Q6YHK3	1445 aa		32.01	■■■□□ 2.72
TPM4-208	ENST00000588410	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	32.01	■■■□□ 2.71
TPM4-208	ENST00000588410	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	31.98	■■■□□ 2.71
TPM4-208	ENST00000588410	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	31.98	■■■□□ 2.71
TPM4-208	ENST00000588410	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		31.91	■■■□□ 2.7
TPM4-208	ENST00000588410	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		31.91	■■■□□ 2.7
TPM4-208	ENST00000588410	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		31.89	■■■□□ 2.7
TPM4-208	ENST00000588410	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	31.88	■■■□□ 2.69
TPM4-208	ENST00000588410	FMN1	Q68DA7	1419 aa		31.88	■■■□□ 2.69
TPM4-208	ENST00000588410	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		31.87	■■■□□ 2.69
TPM4-208	ENST00000588410	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	31.85	■■■□□ 2.69
TPM4-208	ENST00000588410	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		31.75	■■■□□ 2.67
TPM4-208	ENST00000588410	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	31.71	■■■□□ 2.67
TPM4-208	ENST00000588410	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		31.7	■■■□□ 2.67
TPM4-208	ENST00000588410	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	31.7	■■■□□ 2.67
TPM4-208	ENST00000588410	HECW1	Q76N89	1606 aa		31.69	■■■□□ 2.66
TPM4-208	ENST00000588410	CLIP1	P30622	1438 aa		31.64	■■■□□ 2.66
TPM4-208	ENST00000588410	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		31.64	■■■□□ 2.66
TPM4-208	ENST00000588410	NEO1	Q92859	1461 aa		31.63	■■■□□ 2.65
TPM4-208	ENST00000588410	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		31.62	■■■□□ 2.65
TPM4-208	ENST00000588410	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	31.57	■■■□□ 2.64	2e-6	■■□□□ 13.7
TPM4-208	ENST00000588410	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		31.56	■■■□□ 2.64
TPM4-208	ENST00000588410	RAPGEF3	O95398	923 aa		31.55	■■■□□ 2.64
TPM4-208	ENST00000588410	FANCA	O15360	1455 aa		31.51	■■■□□ 2.63
TPM4-208	ENST00000588410	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	31.49	■■■□□ 2.63
TPM4-208	ENST00000588410	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		31.49	■■■□□ 2.63
TPM4-208	ENST00000588410	AKNA	Q7Z591	1439 aa		31.49	■■■□□ 2.63
TPM4-208	ENST00000588410	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		31.48	■■■□□ 2.63
TPM4-208	ENST00000588410	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	31.47	■■■□□ 2.63
TPM4-208	ENST00000588410	ADGRL1	O94910	1474 aa		31.47	■■■□□ 2.63
TPM4-208	ENST00000588410	PLCH2	O75038	1416 aa		31.45	■■■□□ 2.63
TPM4-208	ENST00000588410	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	31.44	■■■□□ 2.62
TPM4-208	ENST00000588410	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		31.44	■■■□□ 2.62
TPM4-208	ENST00000588410	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		31.42	■■■□□ 2.62
TPM4-208	ENST00000588410	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		31.42	■■■□□ 2.62
TPM4-208	ENST00000588410	KIF14	Q15058	1648 aa		31.4	■■■□□ 2.62
TPM4-208	ENST00000588410	CEP162	Q5TB80	1403 aa		31.38	■■■□□ 2.61
TPM4-208	ENST00000588410	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		31.33	■■■□□ 2.61
TPM4-208	ENST00000588410	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		31.32	■■■□□ 2.61
TPM4-208	ENST00000588410	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		31.32	■■■□□ 2.6
TPM4-208	ENST00000588410	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		31.32	■■■□□ 2.6
TPM4-208	ENST00000588410	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		31.28	■■■□□ 2.6
TPM4-208	ENST00000588410	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	31.27	■■■□□ 2.6
TPM4-208	ENST00000588410	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		31.25	■■■□□ 2.59

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16.2 ms