RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000537120.5

DDB1-208, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 2

Gene DDB1, Length 1,215 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-208	ENST00000537120	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	14.35	□□□□□ -0.11
DDB1-208	ENST00000537120	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		14.34	□□□□□ -0.11
DDB1-208	ENST00000537120	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	14.33	□□□□□ -0.12
DDB1-208	ENST00000537120	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	14.3	□□□□□ -0.12
DDB1-208	ENST00000537120	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		14.3	□□□□□ -0.12
DDB1-208	ENST00000537120	SHROOM2	Q13796	1616 aa		14.29	□□□□□ -0.12
DDB1-208	ENST00000537120	CUL7	Q14999	1698 aa		14.26	□□□□□ -0.13
DDB1-208	ENST00000537120	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		14.25	□□□□□ -0.13
DDB1-208	ENST00000537120	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		14.22	□□□□□ -0.13
DDB1-208	ENST00000537120	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	14.2	□□□□□ -0.14
DDB1-208	ENST00000537120	PTPRG	P23470	1445 aa		14.18	□□□□□ -0.14
DDB1-208	ENST00000537120	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		14.18	□□□□□ -0.14
DDB1-208	ENST00000537120	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		14.18	□□□□□ -0.14
DDB1-208	ENST00000537120	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		14.14	□□□□□ -0.15
DDB1-208	ENST00000537120	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		14.13	□□□□□ -0.15
DDB1-208	ENST00000537120	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	14.11	□□□□□ -0.15
DDB1-208	ENST00000537120	IQGAP2	Q13576	1575 aa		14.1	□□□□□ -0.15
DDB1-208	ENST00000537120	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		14.07	□□□□□ -0.16
DDB1-208	ENST00000537120	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		14.06	□□□□□ -0.16
DDB1-208	ENST00000537120	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		14.04	□□□□□ -0.16
DDB1-208	ENST00000537120	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		14.04	□□□□□ -0.16
DDB1-208	ENST00000537120	UACA	Q9BZF9	1416 aa		14.03	□□□□□ -0.16
DDB1-208	ENST00000537120	MAPKBP1	O60336	1514 aa		14.03	□□□□□ -0.16
DDB1-208	ENST00000537120	DISP1	Q96F81	1524 aa		14	□□□□□ -0.17
DDB1-208	ENST00000537120	P3H3	Q8IVL6	736 aa		14	□□□□□ -0.17
DDB1-208	ENST00000537120	ABCC2	Q92887	1545 aa		14	□□□□□ -0.17
DDB1-208	ENST00000537120	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		14	□□□□□ -0.17
DDB1-208	ENST00000537120	TSPOAP1	O95153	1857 aa		13.98	□□□□□ -0.17
DDB1-208	ENST00000537120	GOLGA3	Q08378	1498 aa		13.98	□□□□□ -0.17
DDB1-208	ENST00000537120	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		13.98	□□□□□ -0.17
DDB1-208	ENST00000537120	ASXL2	Q76L83	1435 aa		13.98	□□□□□ -0.17
DDB1-208	ENST00000537120	DIP2B	Q9P265	1576 aa		13.97	□□□□□ -0.17
DDB1-208	ENST00000537120	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
DDB1-208	ENST00000537120	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		13.97	□□□□□ -0.17
DDB1-208	ENST00000537120	PRX	Q9BXM0	1461 aa		13.97	□□□□□ -0.17
DDB1-208	ENST00000537120	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		13.95	□□□□□ -0.18
DDB1-208	ENST00000537120	KIAA0556	O60303	1618 aa		13.94	□□□□□ -0.18
DDB1-208	ENST00000537120	KCNH8	Q96L42	1107 aa		13.94	□□□□□ -0.18
DDB1-208	ENST00000537120	ARID3C	A6NKF2	412 aa		13.91	□□□□□ -0.18
DDB1-208	ENST00000537120	EEA1	Q15075	1411 aa		13.9	□□□□□ -0.18
DDB1-208	ENST00000537120	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
DDB1-208	ENST00000537120	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
DDB1-208	ENST00000537120	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		13.9	□□□□□ -0.18
DDB1-208	ENST00000537120	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		13.9	□□□□□ -0.19
DDB1-208	ENST00000537120	KDM6B	O15054	1643 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-208	ENST00000537120	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-208	ENST00000537120	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-208	ENST00000537120	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-208	ENST00000537120	GLI2	P10070	1586 aa		13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-208	ENST00000537120	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		13.83	□□□□□ -0.2
DDB1-208	ENST00000537120	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		13.82	□□□□□ -0.2
DDB1-208	ENST00000537120	ABCA8	O94911	1581 aa		13.81	□□□□□ -0.2
DDB1-208	ENST00000537120	CD109	Q6YHK3	1445 aa		13.81	□□□□□ -0.2
DDB1-208	ENST00000537120	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
DDB1-208	ENST00000537120	ATP10B	O94823	1461 aa		13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-208	ENST00000537120	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-208	ENST00000537120	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-208	ENST00000537120	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-208	ENST00000537120	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-208	ENST00000537120	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-208	ENST00000537120	SAMD9	Q5K651	1589 aa		13.73	□□□□□ -0.21
DDB1-208	ENST00000537120	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
DDB1-208	ENST00000537120	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		13.72	□□□□□ -0.21
DDB1-208	ENST00000537120	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		13.71	□□□□□ -0.21
DDB1-208	ENST00000537120	KIF21B	O75037	1637 aa		13.71	□□□□□ -0.22
DDB1-208	ENST00000537120	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		13.7	□□□□□ -0.22
DDB1-208	ENST00000537120	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		13.66	□□□□□ -0.22
DDB1-208	ENST00000537120	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
DDB1-208	ENST00000537120	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	13.65	□□□□□ -0.22
DDB1-208	ENST00000537120	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		13.65	□□□□□ -0.22
DDB1-208	ENST00000537120	RAPGEF3	O95398	923 aa		13.63	□□□□□ -0.23
DDB1-208	ENST00000537120	ADGRL1	O94910	1474 aa		13.62	□□□□□ -0.23
DDB1-208	ENST00000537120	FMN1	Q68DA7	1419 aa		13.61	□□□□□ -0.23
DDB1-208	ENST00000537120	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
DDB1-208	ENST00000537120	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		13.61	□□□□□ -0.23
DDB1-208	ENST00000537120	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		13.59	□□□□□ -0.23
DDB1-208	ENST00000537120	NEO1	Q92859	1461 aa		13.58	□□□□□ -0.24
DDB1-208	ENST00000537120	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		13.57	□□□□□ -0.24
DDB1-208	ENST00000537120	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
DDB1-208	ENST00000537120	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-208	ENST00000537120	AKNA	Q7Z591	1439 aa		13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-208	ENST00000537120	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-208	ENST00000537120	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-208	ENST00000537120	FANCA	O15360	1455 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-208	ENST00000537120	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-208	ENST00000537120	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	13.52	□□□□□ -0.25	3e-6	■■■■□ 20
DDB1-208	ENST00000537120	HECW1	Q76N89	1606 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-208	ENST00000537120	CLIP1	P30622	1438 aa		13.5	□□□□□ -0.25
DDB1-208	ENST00000537120	PLCH2	O75038	1416 aa		13.48	□□□□□ -0.25
DDB1-208	ENST00000537120	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		13.48	□□□□□ -0.25
DDB1-208	ENST00000537120	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		13.48	□□□□□ -0.25
DDB1-208	ENST00000537120	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		13.47	□□□□□ -0.25
DDB1-208	ENST00000537120	MLEC	Q14165	292 aa		13.47	□□□□□ -0.25
DDB1-208	ENST00000537120	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		13.46	□□□□□ -0.25
DDB1-208	ENST00000537120	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	13.46	□□□□□ -0.26
DDB1-208	ENST00000537120	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		13.45	□□□□□ -0.26
DDB1-208	ENST00000537120	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		13.43	□□□□□ -0.26
DDB1-208	ENST00000537120	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		13.43	□□□□□ -0.26
DDB1-208	ENST00000537120	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
DDB1-208	ENST00000537120	KIF14	Q15058	1648 aa		13.42	□□□□□ -0.26

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