RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000492270.1

UPF3A-209, Transcript of UPF3A, regulator of nonsense mediated mRNA decay, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene UPF3A, Length 494 nt, Biotype protein coding.

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3A-209ENST00000492270 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP42.09■■■■■ 4.33
UPF3A-209ENST00000492270 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa42.06■■■■■ 4.32
UPF3A-209ENST00000492270 JPH4Q96JJ6 628 aa42.06■■■■■ 4.32
UPF3A-209ENST00000492270 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa41.92■■■■■ 4.3
UPF3A-209ENST00000492270 IQGAP2Q13576 1575 aa41.86■■■■■ 4.29
UPF3A-209ENST00000492270 TRHP20396 242 aaPredicted RBP41.76■■■■■ 4.28
UPF3A-209ENST00000492270 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa41.74■■■■■ 4.27
UPF3A-209ENST00000492270 PRXQ9BXM0 1461 aa41.71■■■■■ 4.27
UPF3A-209ENST00000492270 ADCY10Q96PN6 1610 aa41.61■■■■■ 4.25
UPF3A-209ENST00000492270 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa41.58■■■■■ 4.25
UPF3A-209ENST00000492270 DISP1Q96F81 1524 aa41.58■■■■■ 4.25
UPF3A-209ENST00000492270 UGGT2Q9NYU1 1516 aa41.58■■■■■ 4.25
UPF3A-209ENST00000492270 CSRNP3Q8WYN3 585 aa41.51■■■■■ 4.24
UPF3A-209ENST00000492270 KIAA0556O60303 1618 aa41.5■■■■■ 4.23
UPF3A-209ENST00000492270 EEA1Q15075 1411 aa41.5■■■■■ 4.23
UPF3A-209ENST00000492270 CHIC1Q5VXU3 224 aa41.49■■■■■ 4.23
UPF3A-209ENST00000492270 PTPRGP23470 1445 aa41.49■■■■■ 4.23
UPF3A-209ENST00000492270 TNIKQ9UKE5 1360 aa41.49■■■■■ 4.23
UPF3A-209ENST00000492270 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP41.47■■■■■ 4.23
UPF3A-209ENST00000492270 KIF13AQ9H1H9 1805 aa41.4■■■■■ 4.22
UPF3A-209ENST00000492270 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP41.39■■■■■ 4.22
UPF3A-209ENST00000492270 MAPKBP1O60336 1514 aa41.33■■■■■ 4.21
UPF3A-209ENST00000492270 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP41.3■■■■■ 4.2
UPF3A-209ENST00000492270 GOLGA3Q08378 1498 aa41.25■■■■■ 4.19
UPF3A-209ENST00000492270 KIF21BO75037 1637 aa41.24■■■■■ 4.19
UPF3A-209ENST00000492270 UACAQ9BZF9 1416 aa41.22■■■■■ 4.19
UPF3A-209ENST00000492270 ABCC2Q92887 1545 aa41.22■■■■■ 4.19
UPF3A-209ENST00000492270 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa41.21■■■■■ 4.19
UPF3A-209ENST00000492270 DIP2BQ9P265 1576 aa41.18■■■■■ 4.18
UPF3A-209ENST00000492270 ABCC10Q5T3U5 1492 aa41.16■■■■■ 4.18
UPF3A-209ENST00000492270 SAMD9Q5K651 1589 aa41.1■■■■■ 4.17
UPF3A-209ENST00000492270 PLB1Q6P1J6 1458 aa41.08■■■■■ 4.17
UPF3A-209ENST00000492270 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP41.07■■■■■ 4.17
UPF3A-209ENST00000492270 KDM5BQ9UGL1 1544 aa41.04■■■■■ 4.16
UPF3A-209ENST00000492270 FAM69CQ0P6D2 419 aa41.04■■■■■ 4.16
UPF3A-209ENST00000492270 ABCA8O94911 1581 aa41.03■■■■■ 4.16
UPF3A-209ENST00000492270 P3H3Q8IVL6 736 aa41■■■■■ 4.15
UPF3A-209ENST00000492270 ASXL2Q76L83 1435 aa41■■■■■ 4.15
UPF3A-209ENST00000492270 TSPOAP1O95153 1857 aa40.95■■■■■ 4.15
UPF3A-209ENST00000492270 EHMT2Q96KQ7 1210 aa40.93■■■■■ 4.14
UPF3A-209ENST00000492270 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP40.92■■■■■ 4.14
UPF3A-209ENST00000492270 GLI2P10070 1586 aa40.82■■■■■ 4.12
UPF3A-209ENST00000492270 FHOD3Q2V2M9 1422 aa40.8■■■■■ 4.12
UPF3A-209ENST00000492270 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa40.78■■■■■ 4.12
UPF3A-209ENST00000492270 EFCAB5A4FU69 1503 aa40.77■■■■■ 4.12
UPF3A-209ENST00000492270 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP40.77■■■■■ 4.12
UPF3A-209ENST00000492270 UBTFP17480 764 aaKnown RBP40.76■■■■■ 4.12
UPF3A-209ENST00000492270 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP40.75■■■■■ 4.11
UPF3A-209ENST00000492270 WDR7Q9Y4E6 1490 aa40.73■■■■■ 4.11
UPF3A-209ENST00000492270 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa40.7■■■■■ 4.11
UPF3A-209ENST00000492270 ARID3CA6NKF2 412 aa40.67■■■■■ 4.1
UPF3A-209ENST00000492270 ATP10BO94823 1461 aa40.64■■■■■ 4.1
UPF3A-209ENST00000492270 KDM6BO15054 1643 aa40.6■■■■■ 4.09
UPF3A-209ENST00000492270 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP40.58■■■■■ 4.09
UPF3A-209ENST00000492270 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa40.55■■■■■ 4.08
UPF3A-209ENST00000492270 CFAP43Q8NDM7 1665 aa40.52■■■■■ 4.08
UPF3A-209ENST00000492270 KCNH8Q96L42 1107 aa40.49■■■■■ 4.07
UPF3A-209ENST00000492270 TEX14Q8IWB6 1497 aa40.39■■■■■ 4.06
UPF3A-209ENST00000492270 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP40.39■■■■■ 4.06
UPF3A-209ENST00000492270 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP40.39■■■■■ 4.06
UPF3A-209ENST00000492270 CD109Q6YHK3 1445 aa40.36■■■■■ 4.05
UPF3A-209ENST00000492270 FMN1Q68DA7 1419 aa40.34■■■■■ 4.05
UPF3A-209ENST00000492270 ABCA9Q8IUA7 1624 aa40.34■■■■■ 4.05
UPF3A-209ENST00000492270 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP40.32■■■■■ 4.04
UPF3A-209ENST00000492270 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa40.32■■■■■ 4.04
UPF3A-209ENST00000492270 HECW1Q76N89 1606 aa40.31■■■■■ 4.04
UPF3A-209ENST00000492270 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP40.28■■■■■ 4.04
UPF3A-209ENST00000492270 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa40.25■■■■■ 4.03
UPF3A-209ENST00000492270 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP40.17■■■■■ 4.02
UPF3A-209ENST00000492270 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP40.16■■■■■ 4.02
UPF3A-209ENST00000492270 PLEKHD1A6NEE1 506 aa40.16■■■■■ 4.02
UPF3A-209ENST00000492270 CLIP1P30622 1438 aa40.15■■■■■ 4.02
UPF3A-209ENST00000492270 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP40.09■■■■■ 4.01
UPF3A-209ENST00000492270 TTC37Q6PGP7 1564 aa40.09■■■■■ 4.01
UPF3A-209ENST00000492270 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa40.02■■■■■ 4
UPF3A-209ENST00000492270 ARAP3Q8WWN8 1544 aa39.98■■■■□ 3.99
UPF3A-209ENST00000492270 NEO1Q92859 1461 aa39.95■■■■□ 3.99
UPF3A-209ENST00000492270 KIF14Q15058 1648 aa39.95■■■■□ 3.99
UPF3A-209ENST00000492270 FYCO1Q9BQS8 1478 aa39.94■■■■□ 3.98
UPF3A-209ENST00000492270 CCDC18Q5T9S5 1454 aa39.9■■■■□ 3.98
UPF3A-209ENST00000492270 CEP162Q5TB80 1403 aa39.9■■■■□ 3.98
UPF3A-209ENST00000492270 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP39.88■■■■□ 3.97
UPF3A-209ENST00000492270 CFAP74Q9C0B2 1584 aa39.88■■■■□ 3.97
UPF3A-209ENST00000492270 PHLDB1Q86UU1 1377 aa39.87■■■■□ 3.97
UPF3A-209ENST00000492270 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP39.87■■■■□ 3.97
UPF3A-209ENST00000492270 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP39.87■■■■□ 3.97
UPF3A-209ENST00000492270 MYO5CQ9NQX4 1742 aa39.87■■■■□ 3.97
UPF3A-209ENST00000492270 FANCAO15360 1455 aa39.84■■■■□ 3.97
UPF3A-209ENST00000492270 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa39.84■■■■□ 3.97
UPF3A-209ENST00000492270 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa39.83■■■■□ 3.97
UPF3A-209ENST00000492270 AKNAQ7Z591 1439 aa39.77■■■■□ 3.96
UPF3A-209ENST00000492270 RICTORQ6R327 1708 aa39.77■■■■□ 3.96
UPF3A-209ENST00000492270 PLCH2O75038 1416 aa39.75■■■■□ 3.95
UPF3A-209ENST00000492270 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa39.75■■■■□ 3.95
UPF3A-209ENST00000492270 RAPGEF3O95398 923 aa39.75■■■■□ 3.95
UPF3A-209ENST00000492270 ADGRL1O94910 1474 aa39.69■■■■□ 3.94
UPF3A-209ENST00000492270 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa39.68■■■■□ 3.94
UPF3A-209ENST00000492270 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP39.67■■■■□ 3.94
UPF3A-209ENST00000492270 PREX2Q70Z35 1606 aa39.62■■■■□ 3.93
UPF3A-209ENST00000492270 ARHGAP5Q13017 1502 aa39.61■■■■□ 3.93
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 17.6 ms