Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 ZNF451-204ENST00000370708 9478 ntTSL 2 BASIC8.15□□□□□ -1.12e-9■■■□□ 19
CPSF6Q16630 ZNF451-211ENST00000504603 561 ntTSL 56.42□□□□□ -1.382e-9■■■□□ 19
CPSF6Q16630 ZNF451-214ENST00000509071 477 ntTSL 55.43□□□□□ -1.542e-9■■■□□ 19
CPSF6Q16630 ZNF451-218ENST00000515290 581 ntTSL 45.31□□□□□ -1.562e-9■■■□□ 19
CPSF6Q16630 ZNF451-208ENST00000491832 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.56□□□□□ -22e-9■■■□□ 19
CPSF6Q16630 CENPC-201ENST00000273853 6940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.04□□□□□ -0.84e-6■■■□□ 19
CPSF6Q16630 CENPC-203ENST00000506882 3436 ntTSL 1 (best)9.75□□□□□ -0.854e-6■■■□□ 19
CPSF6Q16630 CENPC-206ENST00000513216 2799 ntTSL 53.78□□□□□ -1.84e-6■■■□□ 19
CPSF6Q16630 PTMS-205ENST00000540828 644 ntTSL 1 (best)19.7■□□□□ 0.746e-13■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.646e-13■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.526e-13■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 PTMS-203ENST00000538057 976 ntTSL 217.25■□□□□ 0.356e-13■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.076e-13■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 PTMS-204ENST00000540667 820 ntTSL 212.63□□□□□ -0.396e-13■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.43□□□□□ -0.17e-49■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 HMGB2-205ENST00000511316 1841 ntTSL 212.27□□□□□ -0.447e-49■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 HMGB2-201ENST00000296503 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.597e-49■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 HMGB2-202ENST00000438704 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.62□□□□□ -1.197e-49■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.975e-7■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 YWHAZ-206ENST00000395957 5248 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.35e-7■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 YWHAZ-207ENST00000395958 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.645e-7■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 YWHAZ-211ENST00000457309 3007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.33□□□□□ -1.725e-7■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 YWHAZ-201ENST00000353245 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.1□□□□□ -1.755e-7■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 ZNF117-202ENST00000487644 1837 ntTSL 25.18□□□□□ -1.582e-10■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-204ENST00000382891 7534 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.232e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-206ENST00000382895 7827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.46□□□□□ -0.422e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-210ENST00000482415 3602 ntTSL 1 (best)12.38□□□□□ -0.432e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-225ENST00000514329 851 ntTSL 311.78□□□□□ -0.522e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-205ENST00000382892 7706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.592e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-202ENST00000353275 7980 ntTSL 1 (best)10.74□□□□□ -0.692e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-223ENST00000513726 648 ntTSL 310.61□□□□□ -0.712e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-212ENST00000503128 8568 ntTSL 1 (best) BASIC10.21□□□□□ -0.772e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-201ENST00000312087 8050 ntTSL 1 (best)10.1□□□□□ -0.792e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-207ENST00000398261 8390 ntTSL 1 (best) BASIC9.04□□□□□ -0.962e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-219ENST00000508803 4251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.67□□□□□ -1.022e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-221ENST00000511904 690 ntTSL 57.25□□□□□ -1.252e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 NSD2-211ENST00000502425 421 ntTSL 35.97□□□□□ -1.452e-6■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.721e-17■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 APLP2-213ENST00000529701 573 ntTSL 519.3■□□□□ 0.681e-17■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 APLP2-209ENST00000527702 579 ntTSL 419.3■□□□□ 0.681e-17■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 APLP2-208ENST00000526330 582 ntTSL 319.3■□□□□ 0.681e-17■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 APLP2-223ENST00000534001 585 ntTSL 419.3■□□□□ 0.681e-17■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 APLP2-224ENST00000534582 556 ntTSL 519.3■□□□□ 0.681e-17■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 APLP2-219ENST00000533616 2041 ntTSL 218.47■□□□□ 0.551e-17■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.511e-17■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 APLP2-225ENST00000534761 551 ntTSL 515.64■□□□□ 0.091e-17■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 APLP2-203ENST00000338167 3270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.181e-17■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 APLP2-201ENST00000263574 3727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.331e-17■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 APLP2-202ENST00000278756 3687 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.371e-17■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 HSP90AA1-203ENST00000553585 581 ntTSL 37.57□□□□□ -1.27e-18■■■□□ 18.8
CPSF6Q16630 SRSF11-204ENST00000395136 1408 ntTSL 1 (best)24.67■■□□□ 1.544e-13■■■□□ 18.7
CPSF6Q16630 GPATCH4-202ENST00000415314 934 ntAPPRIS ALT2 TSL 312.32□□□□□ -0.444e-13■■■□□ 18.7
CPSF6Q16630 EIF5-220ENST00000561406 384 ntTSL 37.65□□□□□ -1.184e-9■■■□□ 18.7
CPSF6Q16630 CHD2-201ENST00000394196 9363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.77□□□□□ -12e-6■■■□□ 18.7
CPSF6Q16630 CHD2-208ENST00000626874 7764 ntTSL 1 (best) BASIC6.83□□□□□ -1.322e-6■■■□□ 18.7
CPSF6Q16630 CHD2-221ENST00000635856 4236 ntTSL 55.54□□□□□ -1.522e-6■■■□□ 18.7
CPSF6Q16630 U2SURP-205ENST00000467348 1267 ntTSL 58.33□□□□□ -1.081e-8■■■□□ 18.6
CPSF6Q16630 U2SURP-211ENST00000488497 3557 ntTSL 1 (best)5.81□□□□□ -1.481e-8■■■□□ 18.6
CPSF6Q16630 U2SURP-208ENST00000473835 7276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.48□□□□□ -1.691e-8■■■□□ 18.6
CPSF6Q16630 U2SURP-214ENST00000493598 3491 ntTSL 5 BASIC3.64□□□□□ -1.831e-8■■■□□ 18.6
CPSF6Q16630 U2SURP-209ENST00000480029 2855 ntTSL 23.43□□□□□ -1.861e-8■■■□□ 18.6
CPSF6Q16630 U2SURP-203ENST00000463563 4364 ntTSL 22.57□□□□□ -21e-8■■■□□ 18.6
CPSF6Q16630 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.645e-6■■■□□ 18.5
CPSF6Q16630 MYLIP-201ENST00000349606 2796 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.135e-6■■■□□ 18.5
CPSF6Q16630 EGR1-201ENST00000239938 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.259e-14■■■□□ 18.5
CPSF6Q16630 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC15.58■□□□□ 0.082e-10■■■□□ 18.5
CPSF6Q16630 USP48-207ENST00000471752 445 ntTSL 37.46□□□□□ -1.225e-9■■■□□ 18.3
CPSF6Q16630 HMBOX1-209ENST00000522468 817 ntTSL 312.92□□□□□ -0.349e-7■■■□□ 18.3
CPSF6Q16630 PRPF40A-202ENST00000410080 8048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.612e-6■■■□□ 18.2
CPSF6Q16630 FUBP1-212ENST00000492405 668 ntTSL 313□□□□□ -0.331e-7■■■□□ 18.2
CPSF6Q16630 FUBP1-213ENST00000492724 583 ntTSL 313□□□□□ -0.331e-7■■■□□ 18.2
CPSF6Q16630 FUBP1-210ENST00000488814 612 ntTSL 36.34□□□□□ -1.391e-7■■■□□ 18.2
CPSF6Q16630 PPIG-203ENST00000414307 1062 ntTSL 1 (best)15.02■□□□□ -05e-9■■■□□ 17.7
CPSF6Q16630 PPIG-208ENST00000462903 1516 ntTSL 1 (best) BASIC10.33□□□□□ -0.765e-9■■■□□ 17.7
CPSF6Q16630 PPIG-211ENST00000530152 690 ntTSL 39.22□□□□□ -0.935e-9■■■□□ 17.7
CPSF6Q16630 PPIG-206ENST00000433207 1485 ntTSL 1 (best)7.89□□□□□ -1.155e-9■■■□□ 17.7
CPSF6Q16630 PPIG-210ENST00000482772 982 ntTSL 56.75□□□□□ -1.335e-9■■■□□ 17.7
CPSF6Q16630 PPIG-207ENST00000448752 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.46□□□□□ -1.75e-9■■■□□ 17.7
CPSF6Q16630 FNIP1-205ENST00000615660 6589 ntTSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.366e-6■■■□□ 17.7
CPSF6Q16630 AC008695.1-201ENST00000514667 6393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.46□□□□□ -1.546e-6■■■□□ 17.7
CPSF6Q16630 FNIP1-201ENST00000307954 6366 ntTSL 1 (best) BASIC5.24□□□□□ -1.576e-6■■■□□ 17.7
CPSF6Q16630 FNIP1-202ENST00000307968 6388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.89□□□□□ -1.636e-6■■■□□ 17.7
CPSF6Q16630 MRFAP1L1-202ENST00000500563 2127 nt13.95□□□□□ -0.181e-6■■■□□ 17.6
CPSF6Q16630 MRFAP1L1-201ENST00000320848 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.341e-6■■■□□ 17.6
CPSF6Q16630 GOLGA4-207ENST00000437131 6947 ntTSL 1 (best)1.95□□□□□ -2.12e-6■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.992e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 OIP5-AS1-205ENST00000558945 1269 ntTSL 521.22■□□□□ 0.992e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.842e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.062e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 ZNF197-204ENST00000383745 2935 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.352e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 ZNF197-201ENST00000334075 2320 ntTSL 1 (best)10.53□□□□□ -0.722e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 SSB-212ENST00000494051 392 ntTSL 29.15□□□□□ -0.942e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 ZNF197-205ENST00000396058 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.72□□□□□ -1.012e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 OIP5-AS1-210ENST00000561275 821 ntTSL 38.68□□□□□ -1.022e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 OIP5-AS1-201ENST00000500949 8829 ntTSL 1 (best) BASIC8.66□□□□□ -1.022e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 OIP5-AS1-203ENST00000557993 1482 ntTSL 26.62□□□□□ -1.352e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 XRCC6-202ENST00000360079 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.218e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 XRCC6-201ENST00000359308 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.268e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 XRCC6-206ENST00000428575 2148 ntTSL 2 BASIC10.61□□□□□ -0.718e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 XRCC6-204ENST00000405506 1958 ntTSL 5 BASIC10.07□□□□□ -0.88e-8■■■□□ 17.5
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