Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
COL7A1Q02388 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC18.64■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
COL7A1Q02388 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL7A1Q02388 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56 ms