Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP3Q9Y6I4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
USP3Q9Y6I4 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
USP3Q9Y6I4 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP3Q9Y6I4 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms