Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC39Q9UFE4 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
CCDC39Q9UFE4 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC39Q9UFE4 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63 ms