Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHFRQ96EP1 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CHFRQ96EP1 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CHFRQ96EP1 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
CHFRQ96EP1 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CHFRQ96EP1 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHFRQ96EP1 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHFRQ96EP1 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHFRQ96EP1 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHFRQ96EP1 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHFRQ96EP1 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHFRQ96EP1 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHFRQ96EP1 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHFRQ96EP1 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHFRQ96EP1 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHFRQ96EP1 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHFRQ96EP1 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHFRQ96EP1 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHFRQ96EP1 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms