Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SKA1Q96BD8 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SKA1Q96BD8 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SKA1Q96BD8 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
SKA1Q96BD8 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms