Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LINC00643Q86TS7 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LINC00643Q86TS7 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms