Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.95■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
USP49Q70CQ1 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
USP49Q70CQ1 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP49Q70CQ1 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP49Q70CQ1 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
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