Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP39Q53GS9 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP39Q53GS9 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
USP39Q53GS9 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP39Q53GS9 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
USP39Q53GS9 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.7 ms