Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC44.17■■■■■ 4.66
CUX1P39880 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC44.15■■■■■ 4.66
CUX1P39880 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC44.14■■■■■ 4.66
CUX1P39880 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC44.14■■■■■ 4.66
CUX1P39880 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC44.13■■■■■ 4.66
CUX1P39880 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC44.12■■■■■ 4.65
CUX1P39880 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC44.12■■■■■ 4.65
CUX1P39880 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC44.12■■■■■ 4.65
CUX1P39880 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC44.11■■■■■ 4.65
CUX1P39880 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.11■■■■■ 4.65
CUX1P39880 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC44.1■■■■■ 4.65
CUX1P39880 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC44.09■■■■■ 4.65
CUX1P39880 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.09■■■■■ 4.65
CUX1P39880 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.09■■■■■ 4.65
CUX1P39880 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.09■■■■■ 4.65
CUX1P39880 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.08■■■■■ 4.65
CUX1P39880 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC44.07■■■■■ 4.65
CUX1P39880 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC44.05■■■■■ 4.64
CUX1P39880 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC44.05■■■■■ 4.64
CUX1P39880 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.05■■■■■ 4.64
CUX1P39880 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC44.05■■■■■ 4.64
CUX1P39880 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.04■■■■■ 4.64
CUX1P39880 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.04■■■■■ 4.64
CUX1P39880 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC44.04■■■■■ 4.64
CUX1P39880 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC44.03■■■■■ 4.64
CUX1P39880 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.02■■■■■ 4.64
CUX1P39880 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC44.01■■■■■ 4.64
CUX1P39880 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC44.01■■■■■ 4.64
CUX1P39880 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC44.01■■■■■ 4.64
CUX1P39880 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44■■■■■ 4.63
CUX1P39880 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44■■■■■ 4.63
CUX1P39880 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC44■■■■■ 4.63
CUX1P39880 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.99■■■■■ 4.63
CUX1P39880 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.99■■■■■ 4.63
CUX1P39880 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC43.99■■■■■ 4.63
CUX1P39880 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.98■■■■■ 4.63
CUX1P39880 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC43.98■■■■■ 4.63
CUX1P39880 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC43.98■■■■■ 4.63
CUX1P39880 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC43.97■■■■■ 4.63
CUX1P39880 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC43.97■■■■■ 4.63
CUX1P39880 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC43.96■■■■■ 4.63
CUX1P39880 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.96■■■■■ 4.63
CUX1P39880 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.95■■■■■ 4.63
CUX1P39880 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.95■■■■■ 4.63
CUX1P39880 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC43.95■■■■■ 4.63
CUX1P39880 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC43.95■■■■■ 4.63
CUX1P39880 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC43.94■■■■■ 4.62
CUX1P39880 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.94■■■■■ 4.62
CUX1P39880 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.94■■■■■ 4.62
CUX1P39880 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC43.93■■■■■ 4.62
CUX1P39880 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC43.93■■■■■ 4.62
CUX1P39880 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC43.93■■■■■ 4.62
CUX1P39880 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC43.92■■■■■ 4.62
CUX1P39880 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC43.91■■■■■ 4.62
CUX1P39880 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC43.9■■■■■ 4.62
CUX1P39880 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.9■■■■■ 4.62
CUX1P39880 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC43.89■■■■■ 4.62
CUX1P39880 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC43.89■■■■■ 4.62
CUX1P39880 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.89■■■■■ 4.62
CUX1P39880 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.89■■■■■ 4.62
CUX1P39880 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC43.89■■■■■ 4.62
CUX1P39880 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC43.86■■■■■ 4.61
CUX1P39880 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.86■■■■■ 4.61
CUX1P39880 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC43.86■■■■■ 4.61
CUX1P39880 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC43.85■■■■■ 4.61
CUX1P39880 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.84■■■■■ 4.61
CUX1P39880 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC43.83■■■■■ 4.61
CUX1P39880 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC43.83■■■■■ 4.61
CUX1P39880 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.83■■■■■ 4.61
CUX1P39880 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC43.83■■■■■ 4.61
CUX1P39880 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.81■■■■■ 4.6
CUX1P39880 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.81■■■■■ 4.6
CUX1P39880 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.81■■■■■ 4.6
CUX1P39880 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.8■■■■■ 4.6
CUX1P39880 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC43.8■■■■■ 4.6
CUX1P39880 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.78■■■■■ 4.6
CUX1P39880 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC43.78■■■■■ 4.6
CUX1P39880 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.77■■■■■ 4.6
CUX1P39880 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC43.77■■■■■ 4.6
CUX1P39880 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.77■■■■■ 4.6
CUX1P39880 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC43.76■■■■■ 4.6
CUX1P39880 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.75■■■■■ 4.59
CUX1P39880 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC43.75■■■■■ 4.59
CUX1P39880 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC43.74■■■■■ 4.59
CUX1P39880 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.73■■■■■ 4.59
CUX1P39880 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC43.73■■■■■ 4.59
CUX1P39880 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.72■■■■■ 4.59
CUX1P39880 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.72■■■■■ 4.59
CUX1P39880 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC43.72■■■■■ 4.59
CUX1P39880 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC43.71■■■■■ 4.59
CUX1P39880 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC43.7■■■■■ 4.59
CUX1P39880 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC43.69■■■■■ 4.59
CUX1P39880 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.69■■■■■ 4.58
CUX1P39880 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.69■■■■■ 4.58
CUX1P39880 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.68■■■■■ 4.58
CUX1P39880 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC43.68■■■■■ 4.58
CUX1P39880 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC43.67■■■■■ 4.58
CUX1P39880 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.67■■■■■ 4.58
CUX1P39880 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC43.67■■■■■ 4.58
CUX1P39880 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC43.67■■■■■ 4.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms