Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LDB3O75112 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
LDB3O75112 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LDB3O75112 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
LDB3O75112 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
LDB3O75112 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
LDB3O75112 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LDB3O75112 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LDB3O75112 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LDB3O75112 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LDB3O75112 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LDB3O75112 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LDB3O75112 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LDB3O75112 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LDB3O75112 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LDB3O75112 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LDB3O75112 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LDB3O75112 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LDB3O75112 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LDB3O75112 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LDB3O75112 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LDB3O75112 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LDB3O75112 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LDB3O75112 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LDB3O75112 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LDB3O75112 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LDB3O75112 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LDB3O75112 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LDB3O75112 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LDB3O75112 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LDB3O75112 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LDB3O75112 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LDB3O75112 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LDB3O75112 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LDB3O75112 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LDB3O75112 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LDB3O75112 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LDB3O75112 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LDB3O75112 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LDB3O75112 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LDB3O75112 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LDB3O75112 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LDB3O75112 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LDB3O75112 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LDB3O75112 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LDB3O75112 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LDB3O75112 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LDB3O75112 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LDB3O75112 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
LDB3O75112 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LDB3O75112 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
LDB3O75112 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LDB3O75112 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LDB3O75112 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
LDB3O75112 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LDB3O75112 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LDB3O75112 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LDB3O75112 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LDB3O75112 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LDB3O75112 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LDB3O75112 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LDB3O75112 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LDB3O75112 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LDB3O75112 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LDB3O75112 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
LDB3O75112 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LDB3O75112 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LDB3O75112 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LDB3O75112 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LDB3O75112 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LDB3O75112 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
LDB3O75112 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
LDB3O75112 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
LDB3O75112 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LDB3O75112 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LDB3O75112 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LDB3O75112 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LDB3O75112 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LDB3O75112 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LDB3O75112 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LDB3O75112 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LDB3O75112 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LDB3O75112 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LDB3O75112 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LDB3O75112 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LDB3O75112 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LDB3O75112 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
LDB3O75112 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
LDB3O75112 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LDB3O75112 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LDB3O75112 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LDB3O75112 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LDB3O75112 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LDB3O75112 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LDB3O75112 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LDB3O75112 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LDB3O75112 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LDB3O75112 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LDB3O75112 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LDB3O75112 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms