Protein–RNA interactions for Protein: A2RU48

SMCO3, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 225 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO3A2RU48 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 SLCO5A1-201ENST00000260126 9076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMCO3A2RU48 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.5 ms