Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC61Q9Y6R9 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC61Q9Y6R9 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC61Q9Y6R9 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC61Q9Y6R9 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC61Q9Y6R9 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC61Q9Y6R9 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.17■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC61Q9Y6R9 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC61Q9Y6R9 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC61Q9Y6R9 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC61Q9Y6R9 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CCDC61Q9Y6R9 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC61Q9Y6R9 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC61Q9Y6R9 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC36.1■■■■□ 3.37
CCDC61Q9Y6R9 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
CCDC61Q9Y6R9 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
CCDC61Q9Y6R9 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
CCDC61Q9Y6R9 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
CCDC61Q9Y6R9 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC61Q9Y6R9 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC61Q9Y6R9 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CCDC61Q9Y6R9 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
CCDC61Q9Y6R9 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC61Q9Y6R9 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC61Q9Y6R9 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC36.02■■■■□ 3.36
CCDC61Q9Y6R9 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
CCDC61Q9Y6R9 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36■■■■□ 3.35
CCDC61Q9Y6R9 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC61Q9Y6R9 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC61Q9Y6R9 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC61Q9Y6R9 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC61Q9Y6R9 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
CCDC61Q9Y6R9 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC35.97■■■■□ 3.35
CCDC61Q9Y6R9 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
CCDC61Q9Y6R9 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC35.96■■■■□ 3.35
CCDC61Q9Y6R9 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC61Q9Y6R9 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC61Q9Y6R9 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC35.9■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC61Q9Y6R9 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC35.88■■■■□ 3.33
CCDC61Q9Y6R9 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.88■■■■□ 3.33
CCDC61Q9Y6R9 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CCDC61Q9Y6R9 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CCDC61Q9Y6R9 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CCDC61Q9Y6R9 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC35.86■■■■□ 3.33
CCDC61Q9Y6R9 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC35.85■■■■□ 3.33
CCDC61Q9Y6R9 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.85■■■■□ 3.33
CCDC61Q9Y6R9 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.84■■■■□ 3.33
CCDC61Q9Y6R9 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC35.83■■■■□ 3.33
CCDC61Q9Y6R9 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC35.83■■■■□ 3.33
CCDC61Q9Y6R9 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC35.82■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC35.8■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC35.8■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC35.79■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC35.79■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.79■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
CCDC61Q9Y6R9 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms