Protein–RNA interactions for Protein: P48380

RFX3, Transcription factor RFX3, humanhuman

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX3P48380 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
RFX3P48380 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RFX3P48380 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RFX3P48380 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RFX3P48380 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RFX3P48380 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RFX3P48380 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
RFX3P48380 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
RFX3P48380 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
RFX3P48380 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
RFX3P48380 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
RFX3P48380 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RFX3P48380 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
RFX3P48380 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
RFX3P48380 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
RFX3P48380 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
RFX3P48380 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
RFX3P48380 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RFX3P48380 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RFX3P48380 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RFX3P48380 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
RFX3P48380 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
RFX3P48380 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RFX3P48380 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RFX3P48380 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RFX3P48380 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RFX3P48380 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RFX3P48380 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RFX3P48380 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RFX3P48380 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RFX3P48380 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RFX3P48380 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RFX3P48380 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
RFX3P48380 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
RFX3P48380 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
RFX3P48380 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
RFX3P48380 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
RFX3P48380 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
RFX3P48380 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
RFX3P48380 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
RFX3P48380 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RFX3P48380 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
RFX3P48380 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
RFX3P48380 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RFX3P48380 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
RFX3P48380 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
RFX3P48380 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RFX3P48380 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RFX3P48380 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
RFX3P48380 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
RFX3P48380 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RFX3P48380 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RFX3P48380 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RFX3P48380 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
RFX3P48380 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RFX3P48380 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RFX3P48380 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RFX3P48380 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RFX3P48380 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RFX3P48380 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RFX3P48380 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RFX3P48380 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
RFX3P48380 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
RFX3P48380 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
RFX3P48380 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
RFX3P48380 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
RFX3P48380 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
RFX3P48380 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
RFX3P48380 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
RFX3P48380 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
RFX3P48380 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RFX3P48380 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
RFX3P48380 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
RFX3P48380 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
RFX3P48380 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
RFX3P48380 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
RFX3P48380 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
RFX3P48380 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
RFX3P48380 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
RFX3P48380 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
RFX3P48380 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
RFX3P48380 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
RFX3P48380 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
RFX3P48380 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
RFX3P48380 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
RFX3P48380 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.93■■□□□ 1.42
RFX3P48380 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
RFX3P48380 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
RFX3P48380 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
RFX3P48380 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
RFX3P48380 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
RFX3P48380 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
RFX3P48380 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
RFX3P48380 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
RFX3P48380 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
RFX3P48380 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
RFX3P48380 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
RFX3P48380 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
RFX3P48380 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
RFX3P48380 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.5 ms