Protein–RNA interactions for Protein: P35453

HOXD13, Homeobox protein Hox-D13, humanhuman

Predictions only

Length 343 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD13P35453 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXD13P35453 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXD13P35453 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXD13P35453 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXD13P35453 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXD13P35453 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXD13P35453 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXD13P35453 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXD13P35453 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXD13P35453 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXD13P35453 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXD13P35453 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXD13P35453 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXD13P35453 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXD13P35453 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXD13P35453 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXD13P35453 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXD13P35453 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXD13P35453 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXD13P35453 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXD13P35453 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
HOXD13P35453 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
HOXD13P35453 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXD13P35453 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXD13P35453 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXD13P35453 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXD13P35453 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXD13P35453 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXD13P35453 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXD13P35453 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXD13P35453 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXD13P35453 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXD13P35453 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXD13P35453 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.8 ms