Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC27.7■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
USP3Q9Y6I4 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP3Q9Y6I4 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP3Q9Y6I4 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC27.55■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.55■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC27.54■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP3Q9Y6I4 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
USP3Q9Y6I4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP3Q9Y6I4 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms