Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULL8

SHROOM4, Protein Shroom4, humanhuman

Predictions only

Length 1,493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHROOM4Q9ULL8 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC50.83■■■■■ 5.73
SHROOM4Q9ULL8 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC50.82■■■■■ 5.73
SHROOM4Q9ULL8 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC50.81■■■■■ 5.72
SHROOM4Q9ULL8 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC50.8■■■■■ 5.72
SHROOM4Q9ULL8 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC50.79■■■■■ 5.72
SHROOM4Q9ULL8 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.79■■■■■ 5.72
SHROOM4Q9ULL8 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC50.78■■■■■ 5.72
SHROOM4Q9ULL8 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC50.78■■■■■ 5.72
SHROOM4Q9ULL8 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC50.76■■■■■ 5.72
SHROOM4Q9ULL8 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC50.75■■■■■ 5.72
SHROOM4Q9ULL8 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.75■■■■■ 5.71
SHROOM4Q9ULL8 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC50.75■■■■■ 5.71
SHROOM4Q9ULL8 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC50.75■■■■■ 5.71
SHROOM4Q9ULL8 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.75■■■■■ 5.71
SHROOM4Q9ULL8 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC50.72■■■■■ 5.71
SHROOM4Q9ULL8 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC50.71■■■■■ 5.71
SHROOM4Q9ULL8 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC50.71■■■■■ 5.71
SHROOM4Q9ULL8 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC50.71■■■■■ 5.71
SHROOM4Q9ULL8 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC50.7■■■■■ 5.71
SHROOM4Q9ULL8 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC50.69■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC50.66■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC50.65■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC50.65■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC50.65■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC50.65■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC50.65■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC50.65■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC50.65■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC50.65■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC50.65■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC50.65■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.65■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.63■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC50.63■■■■■ 5.7
SHROOM4Q9ULL8 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC50.62■■■■■ 5.69
SHROOM4Q9ULL8 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC50.62■■■■■ 5.69
SHROOM4Q9ULL8 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.62■■■■■ 5.69
SHROOM4Q9ULL8 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC50.62■■■■■ 5.69
SHROOM4Q9ULL8 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC50.62■■■■■ 5.69
SHROOM4Q9ULL8 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC50.61■■■■■ 5.69
SHROOM4Q9ULL8 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC50.6■■■■■ 5.69
SHROOM4Q9ULL8 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.59■■■■■ 5.69
SHROOM4Q9ULL8 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC50.59■■■■■ 5.69
SHROOM4Q9ULL8 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.59■■■■■ 5.69
SHROOM4Q9ULL8 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC50.56■■■■■ 5.68
SHROOM4Q9ULL8 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC50.56■■■■■ 5.68
SHROOM4Q9ULL8 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC50.55■■■■■ 5.68
SHROOM4Q9ULL8 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.53■■■■■ 5.68
SHROOM4Q9ULL8 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC50.53■■■■■ 5.68
SHROOM4Q9ULL8 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC50.53■■■■■ 5.68
SHROOM4Q9ULL8 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC50.51■■■■■ 5.68
SHROOM4Q9ULL8 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC50.49■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC50.49■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC50.49■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC50.48■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.47■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.47■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC50.46■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC50.46■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC50.46■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC50.46■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC50.46■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC50.46■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC50.46■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC50.46■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.45■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.45■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC50.45■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC50.45■■■■■ 5.67
SHROOM4Q9ULL8 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC50.41■■■■■ 5.66
SHROOM4Q9ULL8 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.41■■■■■ 5.66
SHROOM4Q9ULL8 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC50.4■■■■■ 5.66
SHROOM4Q9ULL8 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.39■■■■■ 5.66
SHROOM4Q9ULL8 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.38■■■■■ 5.66
SHROOM4Q9ULL8 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC50.37■■■■■ 5.65
SHROOM4Q9ULL8 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC50.37■■■■■ 5.65
SHROOM4Q9ULL8 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC50.36■■■■■ 5.65
SHROOM4Q9ULL8 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC50.35■■■■■ 5.65
SHROOM4Q9ULL8 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC50.35■■■■■ 5.65
SHROOM4Q9ULL8 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.34■■■■■ 5.65
SHROOM4Q9ULL8 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC50.34■■■■■ 5.65
SHROOM4Q9ULL8 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.34■■■■■ 5.65
SHROOM4Q9ULL8 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC50.31■■■■■ 5.64
SHROOM4Q9ULL8 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC50.31■■■■■ 5.64
SHROOM4Q9ULL8 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC50.31■■■■■ 5.64
SHROOM4Q9ULL8 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.3■■■■■ 5.64
SHROOM4Q9ULL8 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC50.26■■■■■ 5.64
SHROOM4Q9ULL8 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC50.26■■■■■ 5.64
SHROOM4Q9ULL8 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC50.25■■■■■ 5.63
SHROOM4Q9ULL8 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC50.23■■■■■ 5.63
SHROOM4Q9ULL8 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC50.23■■■■■ 5.63
SHROOM4Q9ULL8 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC50.21■■■■■ 5.63
SHROOM4Q9ULL8 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.2■■■■■ 5.63
SHROOM4Q9ULL8 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC50.2■■■■■ 5.63
SHROOM4Q9ULL8 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC50.2■■■■■ 5.63
SHROOM4Q9ULL8 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC50.19■■■■■ 5.63
SHROOM4Q9ULL8 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC50.19■■■■■ 5.62
SHROOM4Q9ULL8 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC50.19■■■■■ 5.62
SHROOM4Q9ULL8 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC50.19■■■■■ 5.62
SHROOM4Q9ULL8 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50.15■■■■■ 5.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 130 ms