Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC43Q96MW1 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC43Q96MW1 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC43Q96MW1 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC43Q96MW1 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC43Q96MW1 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC43Q96MW1 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC43Q96MW1 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC43Q96MW1 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC43Q96MW1 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC43Q96MW1 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC43Q96MW1 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC43Q96MW1 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC43Q96MW1 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC43Q96MW1 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC43Q96MW1 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC43Q96MW1 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC43Q96MW1 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC43Q96MW1 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC43Q96MW1 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC43Q96MW1 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC43Q96MW1 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.28
CCDC43Q96MW1 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
CCDC43Q96MW1 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC43Q96MW1 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC43Q96MW1 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC43Q96MW1 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC43Q96MW1 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC43Q96MW1 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC43Q96MW1 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC43Q96MW1 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC43Q96MW1 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC43Q96MW1 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC43Q96MW1 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC43Q96MW1 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC43Q96MW1 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC43Q96MW1 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC43Q96MW1 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC43Q96MW1 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC43Q96MW1 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC43Q96MW1 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC43Q96MW1 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC43Q96MW1 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC43Q96MW1 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC43Q96MW1 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC43Q96MW1 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.3 ms