Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM40Q6P9F5 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM40Q6P9F5 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM40Q6P9F5 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM40Q6P9F5 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM40Q6P9F5 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 166.1 ms