Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
USP47Q96K76 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC37.73■■■■□ 3.63
USP47Q96K76 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC37.73■■■■□ 3.63
USP47Q96K76 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
USP47Q96K76 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC37.73■■■■□ 3.63
USP47Q96K76 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC37.73■■■■□ 3.63
USP47Q96K76 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
USP47Q96K76 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
USP47Q96K76 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
USP47Q96K76 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
USP47Q96K76 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
USP47Q96K76 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.69■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC37.69■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC37.68■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC37.68■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC37.68■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC37.67■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC37.64■■■■□ 3.62
USP47Q96K76 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
USP47Q96K76 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC37.63■■■■□ 3.61
USP47Q96K76 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
USP47Q96K76 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC37.61■■■■□ 3.61
USP47Q96K76 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
USP47Q96K76 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC37.59■■■■□ 3.61
USP47Q96K76 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC37.59■■■■□ 3.61
USP47Q96K76 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
USP47Q96K76 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC37.57■■■■□ 3.61
USP47Q96K76 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.61
USP47Q96K76 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
USP47Q96K76 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC37.56■■■■□ 3.6
USP47Q96K76 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
USP47Q96K76 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
USP47Q96K76 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
USP47Q96K76 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
USP47Q96K76 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
USP47Q96K76 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.53■■■■□ 3.6
USP47Q96K76 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC37.52■■■■□ 3.6
USP47Q96K76 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.52■■■■□ 3.6
USP47Q96K76 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
USP47Q96K76 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC37.5■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC37.5■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC37.49■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.49■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC37.49■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.49■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC37.47■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.47■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC37.47■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC37.45■■■■□ 3.59
USP47Q96K76 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.43■■■■□ 3.58
USP47Q96K76 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC37.42■■■■□ 3.58
USP47Q96K76 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC37.42■■■■□ 3.58
USP47Q96K76 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
USP47Q96K76 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
USP47Q96K76 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC37.4■■■■□ 3.58
USP47Q96K76 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
USP47Q96K76 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
USP47Q96K76 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC37.37■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC37.37■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC37.36■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.34■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.33■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC37.33■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.57
USP47Q96K76 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC37.3■■■■□ 3.56
USP47Q96K76 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
USP47Q96K76 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
USP47Q96K76 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.29■■■■□ 3.56
USP47Q96K76 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
USP47Q96K76 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC37.27■■■■□ 3.56
USP47Q96K76 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
USP47Q96K76 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.27■■■■□ 3.56
USP47Q96K76 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.27■■■■□ 3.56
USP47Q96K76 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC37.27■■■■□ 3.56
USP47Q96K76 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.56
USP47Q96K76 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC37.26■■■■□ 3.56
USP47Q96K76 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.55
USP47Q96K76 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.25■■■■□ 3.55
USP47Q96K76 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
USP47Q96K76 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC37.24■■■■□ 3.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms