Protein–RNA interactions for Protein: O15347

HMGB3, High mobility group protein B3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB3O15347 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
HMGB3O15347 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HMGB3O15347 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HMGB3O15347 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HMGB3O15347 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HMGB3O15347 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HMGB3O15347 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
HMGB3O15347 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HMGB3O15347 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HMGB3O15347 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HMGB3O15347 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGB3O15347 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGB3O15347 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HMGB3O15347 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HMGB3O15347 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HMGB3O15347 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HMGB3O15347 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
HMGB3O15347 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HMGB3O15347 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HMGB3O15347 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HMGB3O15347 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGB3O15347 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HMGB3O15347 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HMGB3O15347 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HMGB3O15347 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HMGB3O15347 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HMGB3O15347 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HMGB3O15347 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HMGB3O15347 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HMGB3O15347 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HMGB3O15347 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HMGB3O15347 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.98
HMGB3O15347 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HMGB3O15347 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
HMGB3O15347 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms