Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 NACA-212ENST00000549259 690 ntTSL 59.84□□□□□ -0.838e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 NACA-220ENST00000552055 521 ntTSL 57.89□□□□□ -1.158e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 NACA-218ENST00000551775 449 ntTSL 57.21□□□□□ -1.268e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 NACA-206ENST00000546862 492 ntTSL 34.2□□□□□ -1.748e-8■■■■■ 40
SF3B4Q15427 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.471e-7■■■■■ 40
SF3B4Q15427 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.341e-7■■■■■ 40
SF3B4Q15427 CPNE1-216ENST00000437340 1755 ntTSL 1 (best)22.35■■□□□ 1.171e-7■■■■■ 40
SF3B4Q15427 CPNE1-205ENST00000401607 1795 ntTSL 522.25■■□□□ 1.151e-7■■■■■ 40
SF3B4Q15427 CPNE1-204ENST00000397443 1928 ntAPPRIS P1 TSL 518.7■□□□□ 0.581e-7■■■■■ 40
SF3B4Q15427 CPNE1-224ENST00000483359 1975 ntTSL 515.96■□□□□ 0.151e-7■■■■■ 40
SF3B4Q15427 AL645922.1-202ENST00000477310 3377 ntTSL 5 BASIC10.49□□□□□ -0.732e-6■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 AL645922.1-201ENST00000456570 3874 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.28□□□□□ -0.922e-6■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 DCAF6-201ENST00000312263 3186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.254e-7■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 DCAF6-203ENST00000367843 3302 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.434e-7■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 DCAF6-204ENST00000432587 3522 ntTSL 2 BASIC11.83□□□□□ -0.524e-7■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 DCAF6-202ENST00000367840 3349 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.62□□□□□ -1.034e-7■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 ZNF689-205ENST00000565710 602 ntTSL 217.17■□□□□ 0.346e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 ZNF689-201ENST00000287461 3547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.326e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 ZNF689-206ENST00000566673 1412 ntTSL 210.74□□□□□ -0.696e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 ZNF689-204ENST00000565440 1153 ntTSL 210.16□□□□□ -0.786e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 ZNF689-202ENST00000563304 1207 ntTSL 1 (best)9.8□□□□□ -0.846e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 KIAA0100-212ENST00000581267 449 ntTSL 35.21□□□□□ -1.581e-6■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.379e-7■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.189e-7■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 TRIM24-205ENST00000493595 811 ntTSL 34.42□□□□□ -1.79e-10■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 DDX56-210ENST00000479440 599 ntTSL 214.83□□□□□ -0.042e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 ELP2-216ENST00000541190 583 ntTSL 211.42□□□□□ -0.586e-16■■■■■ 39.9
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SF3B4Q15427 ELP2-207ENST00000535488 692 ntTSL 29.59□□□□□ -0.876e-16■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 KIFC1-214ENST00000494554 631 ntTSL 216.21■□□□□ 0.191e-14■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 MMS19-210ENST00000439048 609 ntTSL 516.65■□□□□ 0.263e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 MMS19-211ENST00000441194 916 ntTSL 516.49■□□□□ 0.233e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 MMS19-205ENST00000422685 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 516.25■□□□□ 0.193e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 MMS19-208ENST00000437002 933 ntAPPRIS ALT2 TSL 516.25■□□□□ 0.193e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 MMS19-213ENST00000448660 776 ntTSL 514.63□□□□□ -0.073e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 MMS19-203ENST00000370782 3532 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.593e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 MMS19-209ENST00000438925 3797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.663e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 MMS19-214ENST00000477575 986 ntTSL 210.59□□□□□ -0.713e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 MMS19-202ENST00000355839 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.15□□□□□ -0.783e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 MMS19-204ENST00000415383 3401 ntTSL 1 (best)10.14□□□□□ -0.793e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 MMS19-201ENST00000327238 3165 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.47□□□□□ -0.893e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 MMS19-217ENST00000483626 884 ntTSL 59.41□□□□□ -0.93e-8■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 ADD1-222ENST00000536424 594 ntTSL 514.16□□□□□ -0.141e-11■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 PI4KA-205ENST00000466162 589 ntTSL 48.09□□□□□ -1.111e-6■■■■■ 39.9
SF3B4Q15427 ILF3-221ENST00000591649 2579 ntTSL 214.46□□□□□ -0.092e-11■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 ILF3-220ENST00000590869 531 ntTSL 511.61□□□□□ -0.552e-11■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 OGFR-202ENST00000370461 4506 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.2□□□□□ -0.461e-9■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.055e-7■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 ZNF212-205ENST00000488917 559 ntTSL 48.81□□□□□ -19e-7■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.316e-7■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 KANK1-210ENST00000619269 5688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.69□□□□□ -0.866e-7■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 KANK1-206ENST00000382303 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.5□□□□□ -0.896e-7■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 KANK1-209ENST00000489369 7193 ntTSL 59.48□□□□□ -0.896e-7■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 KANK1-205ENST00000382297 5051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.07□□□□□ -0.966e-7■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.441e-6■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.321e-6■■■■■ 39.8
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SF3B4Q15427 CCNT2-203ENST00000417175 811 ntTSL 312.32□□□□□ -0.441e-6■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 SMAD4-205ENST00000588745 1371 ntTSL 5 BASIC10.01□□□□□ -0.811e-6■■■■■ 39.8
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SF3B4Q15427 SMAD4-202ENST00000398417 8495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.66□□□□□ -1.661e-6■■■■■ 39.8
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SF3B4Q15427 ACADVL-211ENST00000578319 718 ntTSL 311.91□□□□□ -0.51e-9■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 ACADVL-235ENST00000583848 503 ntTSL 311.4□□□□□ -0.581e-9■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.877e-10■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.337e-10■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 BLOC1S5-TXNDC5-201ENST00000439343 3030 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.71□□□□□ -0.77e-10■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 MIIP-201ENST00000235332 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.233e-7■■■■■ 39.8
SF3B4Q15427 ATP13A1-214ENST00000497556 2442 ntTSL 214.13□□□□□ -0.151e-6■■■■■ 39.7
SF3B4Q15427 SLC22A31-204ENST00000568161 651 ntTSL 313.41□□□□□ -0.261e-7■■■■■ 39.7
SF3B4Q15427 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.311e-7■■■■■ 39.7
SF3B4Q15427 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.281e-7■■■■■ 39.7
SF3B4Q15427 TTYH3-202ENST00000400376 560 ntTSL 416.08■□□□□ 0.167e-12■■■■■ 39.7
SF3B4Q15427 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.833e-7■■■■■ 39.7
SF3B4Q15427 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.243e-7■■■■■ 39.7
SF3B4Q15427 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.395e-13■■■■■ 39.7
SF3B4Q15427 CLCN7-208ENST00000564968 652 ntTSL 414.54□□□□□ -0.083e-32■■■■■ 39.7
SF3B4Q15427 MVD-205ENST00000562981 537 ntTSL 215.57■□□□□ 0.082e-12■■■■■ 39.7
SF3B4Q15427 PIEZO1-213ENST00000518793 660 ntTSL 310.74□□□□□ -0.693e-8■■■■■ 39.7
SF3B4Q15427 ANKRD54-210ENST00000498417 2403 ntTSL 214.5□□□□□ -0.092e-7■■■■■ 39.7
SF3B4Q15427 STARD3-229ENST00000585269 1346 ntTSL 520.33■□□□□ 0.859e-8■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.689e-8■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 STARD3-214ENST00000578577 1511 ntTSL 218.78■□□□□ 0.69e-8■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.559e-8■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.49e-8■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.299e-8■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 STARD3-223ENST00000583582 1350 ntTSL 215.64■□□□□ 0.091e-10■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 STARD3-203ENST00000443521 673 ntTSL 515.09■□□□□ 0.011e-10■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 STARD3-207ENST00000484773 916 ntTSL 315.04■□□□□ -01e-10■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 STARD3-208ENST00000488876 2404 ntTSL 214.47□□□□□ -0.099e-8■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 STARD3-221ENST00000582874 591 ntTSL 314.45□□□□□ -0.11e-10■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 STARD3-211ENST00000578232 851 ntTSL 214.32□□□□□ -0.125e-8■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 STARD3-206ENST00000481171 3451 ntTSL 211.12□□□□□ -0.639e-8■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 MYBBP1A-209ENST00000573723 613 ntTSL 511.24□□□□□ -0.613e-8■■■■■ 39.6
SF3B4Q15427 MAPK8IP3-213ENST00000568271 752 ntTSL 513.19□□□□□ -0.32e-10■■■■■ 39.6
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3211.9 ms