Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.412e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CEP164-202ENST00000525416 778 ntAPPRIS ALT2 TSL 317.61■□□□□ 0.412e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 MAEA-212ENST00000509531 1001 ntTSL 1 (best)17.57■□□□□ 0.42e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 MAEA-206ENST00000503693 1182 ntTSL 1 (best)17.57■□□□□ 0.42e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 THOP1-206ENST00000586780 421 ntTSL 316.94■□□□□ 0.32e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.292e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.22e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.192e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ARPC1B-220ENST00000491294 1051 ntTSL 516.21■□□□□ 0.192e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.152e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.082e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 MAEA-216ENST00000512308 839 ntTSL 515.39■□□□□ 0.052e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.051e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 MAEA-203ENST00000502558 570 ntTSL 215.36■□□□□ 0.052e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ASIC3-204ENST00000377904 2096 ntTSL 215.21■□□□□ 0.032e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ABCF3-218ENST00000498136 1014 ntTSL 215.17■□□□□ 0.022e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 PLXNB1-207ENST00000464294 1025 ntTSL 215.16■□□□□ 0.022e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 TBC1D22A-209ENST00000472791 558 ntTSL 415.03■□□□□ -01e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 SNHG17-205ENST00000424235 764 ntTSL 214.73□□□□□ -0.052e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 AMPD3-203ENST00000396554 3806 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.062e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 MAEA-211ENST00000509254 598 ntTSL 414.63□□□□□ -0.072e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.082e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.082e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.43□□□□□ -0.12e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 DVL2-202ENST00000571745 560 ntTSL 414.42□□□□□ -0.12e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 TBC1D22A-201ENST00000337137 3787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.42□□□□□ -0.11e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.41□□□□□ -0.12e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.122e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CEP164-211ENST00000533570 492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)14.04□□□□□ -0.162e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CEP164-201ENST00000278935 5630 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.222e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 JADE1-209ENST00000511647 3560 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.252e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 PLXNB1-204ENST00000456774 5859 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.262e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ARPC1B-217ENST00000481997 945 ntTSL 213.25□□□□□ -0.292e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.292e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 TBC1D22A-207ENST00000441162 2636 ntTSL 213.2□□□□□ -0.31e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 PLXNB1-201ENST00000296440 7143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.322e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CEP164-214ENST00000639320 2179 ntTSL 512.73□□□□□ -0.372e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 MAEA-207ENST00000505177 1340 ntTSL 5 BASIC12.54□□□□□ -0.42e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 TBC1D22A-203ENST00000380995 3934 ntTSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.411e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CEP164-208ENST00000533153 585 ntAPPRIS ALT2 TSL 312.11□□□□□ -0.472e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ABCF3-212ENST00000478288 754 ntTSL 311.93□□□□□ -0.52e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 PLXNB1-203ENST00000449094 3863 ntTSL 211.83□□□□□ -0.522e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 AMPD3-218ENST00000534047 2376 ntTSL 1 (best)11.77□□□□□ -0.522e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 MAEA-205ENST00000503653 845 ntTSL 311.61□□□□□ -0.552e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 JADE1-201ENST00000226319 5772 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.672e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 NOD1-201ENST00000222823 4499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.72e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 JADE1-213ENST00000610919 5644 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.6□□□□□ -0.712e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-206ENST00000565786 641 ntTSL 310.57□□□□□ -0.722e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 AMPD3-211ENST00000529834 2248 ntTSL 210.19□□□□□ -0.782e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CEP164-203ENST00000525734 616 ntAPPRIS ALT2 TSL 210.01□□□□□ -0.812e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-211ENST00000568940 1137 ntTSL 3 BASIC9.92□□□□□ -0.822e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 NOD1-206ENST00000434755 4610 ntTSL 29.89□□□□□ -0.832e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 JADE1-214ENST00000611140 5648 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC9.76□□□□□ -0.852e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-214ENST00000569979 896 ntTSL 2 BASIC9.35□□□□□ -0.912e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-208ENST00000566284 1165 ntTSL 29.26□□□□□ -0.932e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 JADE1-211ENST00000512960 3000 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC9.04□□□□□ -0.962e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 JADE1-203ENST00000452328 5544 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.01□□□□□ -0.972e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 KIF5A-203ENST00000552227 548 ntTSL 48.84□□□□□ -0.992e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 AMPD3-208ENST00000528723 2753 ntTSL 2 BASIC8.62□□□□□ -1.032e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 AMPD3-202ENST00000396553 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.34□□□□□ -1.072e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 JADE1-202ENST00000413543 4012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.89□□□□□ -1.152e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 PABPC1-213ENST00000519848 676 ntTSL 27.66□□□□□ -1.182e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-215ENST00000570000 994 ntTSL 37.56□□□□□ -1.22e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 AMPD3-209ENST00000529507 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.44□□□□□ -1.222e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 AMPD3-213ENST00000530864 717 ntTSL 57.32□□□□□ -1.242e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-205ENST00000565368 851 ntTSL 37.18□□□□□ -1.262e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 AMPD3-204ENST00000444303 3994 ntTSL 2 BASIC7.14□□□□□ -1.272e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-212ENST00000569246 910 ntTSL 36.41□□□□□ -1.382e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-202ENST00000563341 505 ntTSL 36.03□□□□□ -1.442e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 CIAPIN1-210ENST00000567751 328 ntTSL 54.29□□□□□ -1.722e-8■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 HNRNPH1-249ENST00000524180 997 ntTSL 512.95□□□□□ -0.342e-18■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 HNRNPH1-241ENST00000521790 549 ntTSL 26.92□□□□□ -1.32e-18■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 HNRNPH1-235ENST00000519943 748 ntTSL 23.17□□□□□ -1.92e-18■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 SEMA4B-214ENST00000560003 566 ntTSL 38.31□□□□□ -1.081e-9■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 SH3BP4-204ENST00000416021 593 ntTSL 319.15■□□□□ 0.669e-11■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 SH3BP4-205ENST00000444916 570 ntTSL 412.85□□□□□ -0.359e-11■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 SH3BP4-206ENST00000446904 829 ntTSL 39.4□□□□□ -0.99e-11■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 SH3BP4-207ENST00000454947 500 ntTSL 48.43□□□□□ -1.069e-11■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 DHX36-203ENST00000460695 2306 ntTSL 211.59□□□□□ -0.555e-12■■■■■ 40.3
SF3B4Q15427 ACSF3-213ENST00000542688 2024 ntTSL 517.23■□□□□ 0.352e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.252e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 ACSF3-211ENST00000540697 829 ntTSL 216.39■□□□□ 0.212e-9■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.12e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 ACSF3-214ENST00000543676 940 ntTSL 214.69□□□□□ -0.062e-9■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 ACSF3-201ENST00000317447 3664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.54□□□□□ -0.42e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 ACSF3-215ENST00000544543 883 ntTSL 511.91□□□□□ -0.52e-9■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 ACSF3-218ENST00000614302 3751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.82□□□□□ -0.522e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 ACSF3-216ENST00000562204 581 ntTSL 311.34□□□□□ -0.592e-9■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 ACSF3-210ENST00000538340 434 ntTSL 510.08□□□□□ -0.82e-9■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 KIF22-204ENST00000563263 600 ntTSL 38.65□□□□□ -1.023e-20■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 PPP2R5D-207ENST00000482315 583 ntTSL 27.9□□□□□ -1.141e-7■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 SAR1A-206ENST00000431664 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.64□□□□□ -1.192e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 SAR1A-201ENST00000373236 437 ntTSL 1 (best) BASIC5.06□□□□□ -1.62e-8■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 TTLL3-231ENST00000496246 507 ntTSL 410.47□□□□□ -0.733e-11■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 TTLL3-226ENST00000474948 603 ntTSL 48.55□□□□□ -1.043e-11■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 TTLL3-220ENST00000452823 579 ntTSL 37.44□□□□□ -1.223e-11■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.053e-7■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 TCF20-201ENST00000335626 6237 ntTSL 1 (best) BASIC9.78□□□□□ -0.843e-7■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 TCF20-202ENST00000359486 7410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.84□□□□□ -0.993e-7■■■■■ 40.2
SF3B4Q15427 YBX3-216ENST00000544622 685 ntTSL 310.34□□□□□ -0.756e-8■■■■■ 40.2
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3362.2 ms