Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CPSF3Q9UKF6 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CPSF3Q9UKF6 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CPSF3Q9UKF6 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CPSF3Q9UKF6 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CPSF3Q9UKF6 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CPSF3Q9UKF6 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CPSF3Q9UKF6 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CPSF3Q9UKF6 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CPSF3Q9UKF6 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CPSF3Q9UKF6 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CPSF3Q9UKF6 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CPSF3Q9UKF6 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CPSF3Q9UKF6 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CPSF3Q9UKF6 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CPSF3Q9UKF6 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CPSF3Q9UKF6 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CPSF3Q9UKF6 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CPSF3Q9UKF6 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CPSF3Q9UKF6 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CPSF3Q9UKF6 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CPSF3Q9UKF6 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CPSF3Q9UKF6 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CPSF3Q9UKF6 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CPSF3Q9UKF6 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CPSF3Q9UKF6 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CPSF3Q9UKF6 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CPSF3Q9UKF6 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CPSF3Q9UKF6 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CPSF3Q9UKF6 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CPSF3Q9UKF6 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CPSF3Q9UKF6 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CPSF3Q9UKF6 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CPSF3Q9UKF6 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CPSF3Q9UKF6 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CPSF3Q9UKF6 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CPSF3Q9UKF6 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CPSF3Q9UKF6 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CPSF3Q9UKF6 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CPSF3Q9UKF6 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CPSF3Q9UKF6 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CPSF3Q9UKF6 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CPSF3Q9UKF6 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
CPSF3Q9UKF6 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CPSF3Q9UKF6 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CPSF3Q9UKF6 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CPSF3Q9UKF6 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CPSF3Q9UKF6 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CPSF3Q9UKF6 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
CPSF3Q9UKF6 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CPSF3Q9UKF6 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CPSF3Q9UKF6 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CPSF3Q9UKF6 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CPSF3Q9UKF6 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CPSF3Q9UKF6 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CPSF3Q9UKF6 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CPSF3Q9UKF6 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CPSF3Q9UKF6 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CPSF3Q9UKF6 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CPSF3Q9UKF6 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
CPSF3Q9UKF6 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CPSF3Q9UKF6 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CPSF3Q9UKF6 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CPSF3Q9UKF6 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29.19■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CPSF3Q9UKF6 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CPSF3Q9UKF6 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms