Protein–RNA interactions for Protein: Q15843

NEDD8, NEDD8, humanhuman

Predictions only

Length 81 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEDD8Q15843 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
NEDD8Q15843 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC19.79■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
NEDD8Q15843 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms