Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
TRIM28Q13263 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
TRIM28Q13263 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
TRIM28Q13263 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
TRIM28Q13263 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC27.54■■■□□ 2
TRIM28Q13263 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
TRIM28Q13263 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM28Q13263 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM28Q13263 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM28Q13263 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM28Q13263 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM28Q13263 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM28Q13263 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM28Q13263 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM28Q13263 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM28Q13263 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC27.52■■■□□ 2
TRIM28Q13263 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM28Q13263 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM28Q13263 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM28Q13263 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
TRIM28Q13263 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM28Q13263 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
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