Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.9 ms