Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COPB1P53618 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COPB1P53618 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COPB1P53618 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COPB1P53618 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COPB1P53618 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COPB1P53618 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COPB1P53618 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COPB1P53618 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COPB1P53618 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COPB1P53618 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COPB1P53618 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COPB1P53618 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COPB1P53618 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COPB1P53618 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COPB1P53618 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COPB1P53618 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COPB1P53618 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COPB1P53618 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COPB1P53618 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COPB1P53618 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COPB1P53618 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COPB1P53618 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
COPB1P53618 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COPB1P53618 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COPB1P53618 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COPB1P53618 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COPB1P53618 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COPB1P53618 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COPB1P53618 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COPB1P53618 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COPB1P53618 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COPB1P53618 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COPB1P53618 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COPB1P53618 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COPB1P53618 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COPB1P53618 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COPB1P53618 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COPB1P53618 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COPB1P53618 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
COPB1P53618 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COPB1P53618 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COPB1P53618 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COPB1P53618 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COPB1P53618 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COPB1P53618 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COPB1P53618 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COPB1P53618 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COPB1P53618 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COPB1P53618 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COPB1P53618 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COPB1P53618 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COPB1P53618 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COPB1P53618 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COPB1P53618 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COPB1P53618 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COPB1P53618 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COPB1P53618 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COPB1P53618 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COPB1P53618 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COPB1P53618 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COPB1P53618 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COPB1P53618 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COPB1P53618 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COPB1P53618 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COPB1P53618 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COPB1P53618 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COPB1P53618 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COPB1P53618 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COPB1P53618 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COPB1P53618 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COPB1P53618 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
COPB1P53618 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COPB1P53618 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COPB1P53618 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COPB1P53618 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COPB1P53618 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COPB1P53618 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COPB1P53618 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COPB1P53618 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COPB1P53618 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COPB1P53618 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COPB1P53618 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COPB1P53618 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COPB1P53618 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COPB1P53618 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COPB1P53618 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.3 ms