Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -03e-10■■■■■ 35.3
LIN28BQ6ZN17 GPSM2-202ENST00000406462 7433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.322e-10■■■■■ 35.3
LIN28BQ6ZN17 SSFA2-203ENST00000409136 3610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.3□□□□□ -1.083e-10■■■■■ 35.3
LIN28BQ6ZN17 SSFA2-206ENST00000440623 5420 ntTSL 27.06□□□□□ -1.283e-10■■■■■ 35.3
LIN28BQ6ZN17 SSFA2-204ENST00000416081 5067 ntTSL 1 (best)6.55□□□□□ -1.363e-10■■■■■ 35.3
LIN28BQ6ZN17 SSFA2-213ENST00000491720 6473 ntTSL 25.53□□□□□ -1.523e-10■■■■■ 35.3
LIN28BQ6ZN17 TARDBP-231ENST00000639599 1283 ntTSL 516.87■□□□□ 0.298e-12■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 TARDBP-202ENST00000315091 1835 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.328e-12■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 TARDBP-221ENST00000619555 682 ntTSL 512.87□□□□□ -0.358e-12■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 TARDBP-201ENST00000240185 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.418e-12■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 TARDBP-223ENST00000620632 706 ntTSL 312.04□□□□□ -0.488e-12■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 TARDBP-206ENST00000473869 1946 ntTSL 511.41□□□□□ -0.588e-12■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 TARDBP-230ENST00000639083 2269 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.09□□□□□ -0.638e-12■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 TARDBP-218ENST00000617172 980 ntTSL 511.01□□□□□ -0.658e-12■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 TARDBP-211ENST00000610369 563 ntTSL 511.01□□□□□ -0.658e-12■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 AL109811.4-201ENST00000614757 1793 ntTSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.798e-12■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 TARDBP-213ENST00000611963 739 ntTSL 58.58□□□□□ -1.048e-12■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 ARID3B-205ENST00000569680 2654 ntTSL 1 (best)9.8□□□□□ -0.842e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.137e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-226ENST00000566835 1565 ntTSL 228.09■■■□□ 2.097e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-227ENST00000567282 854 ntTSL 326.72■■□□□ 1.877e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.847e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-208ENST00000562392 1662 ntTSL 223.57■■□□□ 1.367e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-230ENST00000568194 2116 ntTSL 1 (best)23.56■■□□□ 1.367e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-212ENST00000563067 1646 ntTSL 521.88■■□□□ 1.097e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.767e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.757e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.757e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-221ENST00000565330 1403 ntTSL 219.28■□□□□ 0.687e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-231ENST00000568542 1865 ntTSL 1 (best)17.94■□□□□ 0.467e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-235ENST00000570224 1044 ntTSL 315.69■□□□□ 0.17e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-201ENST00000301724 1735 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.047e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-207ENST00000562352 939 ntTSL 314.42□□□□□ -0.17e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-204ENST00000561651 703 ntTSL 214.31□□□□□ -0.127e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-222ENST00000565687 1135 ntTSL 514.31□□□□□ -0.127e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-213ENST00000563107 733 ntTSL 514.12□□□□□ -0.157e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-233ENST00000569457 792 ntTSL 513.97□□□□□ -0.177e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-223ENST00000565717 947 ntTSL 513.91□□□□□ -0.187e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MLST8-206ENST00000562239 597 ntTSL 212.23□□□□□ -0.457e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 NDUFC2-KCTD14-202ENST00000530054 656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.192e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 NDUFC2-201ENST00000281031 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.062e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 NDUFC2-KCTD14-201ENST00000528251 566 ntTSL 4 BASIC13.12□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 NDUFC2-KCTD14-204ENST00000614236 386 ntTSL 5 BASIC12.22□□□□□ -0.452e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 NDUFC2-203ENST00000527806 1888 ntTSL 2 BASIC11.16□□□□□ -0.622e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 NDUFC2-KCTD14-203ENST00000612612 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.96□□□□□ -0.652e-7■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 BCAT1-205ENST00000539282 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.547e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 BCAT1-204ENST00000538118 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.82□□□□□ -0.847e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 BCAT1-206ENST00000539780 1360 ntTSL 2 BASIC9.77□□□□□ -0.847e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 BCAT1-202ENST00000342945 4319 ntTSL 2 BASIC7.89□□□□□ -1.157e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.683e-8■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CDC23-203ENST00000464806 562 ntTSL 24.46□□□□□ -1.71e-8■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CDC23-205ENST00000475021 473 ntTSL 22.81□□□□□ -1.961e-8■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 XIST-206ENST00000434839 2865 ntTSL 5 BASIC6.71□□□□□ -1.343e-13■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 XIST-204ENST00000429829 19275 ntTSL 1 (best) BASIC4.27□□□□□ -1.733e-13■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 ACAP2-209ENST00000472860 573 ntTSL 54.66□□□□□ -1.662e-43■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 HDGFL2-209ENST00000619255 320 ntTSL 321.81■■□□□ 1.086e-22■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC29.18■■■□□ 2.266e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.046e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.046e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.836e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.546e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.396e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CALM3-206ENST00000594523 540 ntTSL 4 BASIC14.13□□□□□ -0.156e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CALM3-203ENST00000477244 696 ntTSL 313.33□□□□□ -0.286e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CALM3-207ENST00000595072 721 ntTSL 213.26□□□□□ -0.296e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CALM3-210ENST00000597868 927 ntTSL 312.23□□□□□ -0.456e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CALM3-205ENST00000486500 2536 ntTSL 212.03□□□□□ -0.486e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 CALM3-204ENST00000482455 650 ntTSL 49.22□□□□□ -0.936e-10■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 EIF4A1-226ENST00000582848 591 ntTSL 313.37□□□□□ -0.278e-24■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 EIF4A1-223ENST00000582169 552 ntTSL 411.77□□□□□ -0.538e-24■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 EIF4A1-230ENST00000583899 665 ntTSL 37.1□□□□□ -1.278e-24■■■■■ 35.2
LIN28BQ6ZN17 BLOC1S5-206ENST00000627748 1273 ntTSL 1 (best)17.36■□□□□ 0.379e-10■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.339e-10■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 BLOC1S5-201ENST00000244777 2445 ntTSL 1 (best)16.53■□□□□ 0.249e-10■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 BLOC1S5-203ENST00000475998 1017 ntTSL 1 (best)3.69□□□□□ -1.829e-10■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 CCT8-210ENST00000496121 1326 ntTSL 28.8□□□□□ -11e-6■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 SORT1-204ENST00000482236 615 ntTSL 312.68□□□□□ -0.387e-10■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 SORT1-210ENST00000633956 561 ntTSL 45.77□□□□□ -1.497e-10■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 SORT1-207ENST00000493736 583 ntTSL 25.15□□□□□ -1.597e-10■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 RPF2-203ENST00000441448 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.24□□□□□ -0.454e-10■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 RPF2-204ENST00000607388 3621 ntTSL 1 (best)6.24□□□□□ -1.414e-10■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 NDUFV1-208ENST00000526770 1748 ntTSL 518.96■□□□□ 0.636e-9■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.586e-9■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.556e-9■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.366e-9■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.316e-9■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 SPG11-202ENST00000427534 6935 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.351e-8■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 SPG11-216ENST00000559347 716 ntTSL 512.36□□□□□ -0.431e-8■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 SPG11-203ENST00000535302 7288 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.12□□□□□ -0.471e-8■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 SPG11-201ENST00000261866 7774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.51e-8■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 SPG11-217ENST00000559511 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 211.16□□□□□ -0.621e-8■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 SPG11-207ENST00000558138 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 510□□□□□ -0.811e-8■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 SPG11-224ENST00000561268 530 ntTSL 47.8□□□□□ -1.161e-8■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 AC087380.1-204ENST00000418729 1026 ntTSL 1 (best)13.74□□□□□ -0.216e-9■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 AC087380.1-201ENST00000420465 1001 ntTSL 38.11□□□□□ -1.116e-9■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 AC087380.1-202ENST00000415970 1163 ntTSL 2 BASIC6.4□□□□□ -1.386e-9■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 AC087380.1-203ENST00000420726 752 ntTSL 56.37□□□□□ -1.396e-9■■■■■ 35.1
LIN28BQ6ZN17 SEC63-201ENST00000369002 6411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.042e-9■■■■■ 35
LIN28BQ6ZN17 IARS2-201ENST00000366922 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.095e-7■■■■■ 35
LIN28BQ6ZN17 ARID3B-206ENST00000622429 4243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.41□□□□□ -0.11e-7■■■■■ 35
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 61.8 ms