Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXC11O43248 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.83■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC11O43248 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms