Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX1P48742 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX1P48742 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX1P48742 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX1P48742 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX1P48742 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX1P48742 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX1P48742 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX1P48742 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX1P48742 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX1P48742 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX1P48742 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX1P48742 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX1P48742 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX1P48742 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX1P48742 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX1P48742 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX1P48742 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX1P48742 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX1P48742 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX1P48742 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX1P48742 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX1P48742 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX1P48742 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX1P48742 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX1P48742 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX1P48742 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX1P48742 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX1P48742 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX1P48742 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX1P48742 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX1P48742 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX1P48742 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX1P48742 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX1P48742 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX1P48742 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX1P48742 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX1P48742 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX1P48742 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX1P48742 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX1P48742 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX1P48742 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX1P48742 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX1P48742 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX1P48742 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX1P48742 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX1P48742 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX1P48742 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX1P48742 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX1P48742 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX1P48742 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX1P48742 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX1P48742 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX1P48742 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX1P48742 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX1P48742 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX1P48742 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX1P48742 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX1P48742 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms