Protein–RNA interactions for Protein: O75400

PRPF40A, Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 957 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF40AO75400 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
PRPF40AO75400 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
PRPF40AO75400 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PRPF40AO75400 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PRPF40AO75400 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
PRPF40AO75400 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PRPF40AO75400 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
PRPF40AO75400 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PRPF40AO75400 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PRPF40AO75400 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
PRPF40AO75400 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PRPF40AO75400 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms