Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SKA1Q96BD8 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms