Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PKNOX1P55347 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PKNOX1P55347 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.2 ms