Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC32.24■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.24■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC32.24■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.23■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC32.23■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.75
NPHP3Q7Z494 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.18■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC32.18■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.18■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC32.14■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC32.14■■■□□ 2.74
NPHP3Q7Z494 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC32.13■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC32.13■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC32.13■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.73
NPHP3Q7Z494 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC32.06■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC32.04■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
NPHP3Q7Z494 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC32.03■■■□□ 2.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms