Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.146e-70■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.077e-10■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.037e-10■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 CHD4-211ENST00000544484 6554 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.347e-10■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 SAMSN1-202ENST00000400564 1382 ntTSL 1 (best) BASIC7.57□□□□□ -1.22e-6■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 SAMSN1-203ENST00000400566 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.3□□□□□ -1.562e-6■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 SAMSN1-206ENST00000619120 2028 ntTSL 1 (best) BASIC5.18□□□□□ -1.582e-6■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 SAMSN1-201ENST00000285670 2185 ntTSL 1 (best) BASIC4.36□□□□□ -1.712e-6■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 LINC01029-204ENST00000583106 1465 ntTSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.234e-7■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 HSP90B1-207ENST00000550595 694 ntTSL 27.35□□□□□ -1.233e-11■□□□□ 10.8
CPSF6Q16630 PNISR-202ENST00000438806 3142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.51□□□□□ -1.532e-9■□□□□ 10.8
CPSF6Q16630 PNISR-201ENST00000369239 5112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.82□□□□□ -1.82e-9■□□□□ 10.8
CPSF6Q16630 USP8-201ENST00000307179 4243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.1□□□□□ -1.597e-8■□□□□ 10.8
CPSF6Q16630 USP8-204ENST00000425032 3559 ntTSL 2 BASIC4.89□□□□□ -1.637e-8■□□□□ 10.8
CPSF6Q16630 USP8-202ENST00000396444 19026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.63□□□□□ -1.677e-8■□□□□ 10.8
CPSF6Q16630 PSMA7-202ENST00000370861 773 ntTSL 5 BASIC11.1□□□□□ -0.637e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 PSMA7-206ENST00000486193 548 ntTSL 25.72□□□□□ -1.497e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 ANP32E-206ENST00000534220 512 ntTSL 57.69□□□□□ -1.184e-18■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 IPO7-201ENST00000379719 6191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.473e-11■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.141e-6■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 BMP2K-202ENST00000389010 2741 ntTSL 1 (best)20.2■□□□□ 0.821e-6■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.511e-6■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.131e-6■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 METAP2-208ENST00000549808 538 ntTSL 47.42□□□□□ -1.223e-13■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 METAP2-204ENST00000546478 232 ntTSL 27.09□□□□□ -1.273e-13■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 CCAR1-203ENST00000479143 478 ntTSL 57.89□□□□□ -1.154e-9■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 CCAR1-210ENST00000539250 701 ntTSL 27.21□□□□□ -1.264e-9■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 CCAR1-207ENST00000536012 2447 ntTSL 1 (best)6.67□□□□□ -1.344e-9■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 CCAR1-214ENST00000543225 2407 ntTSL 1 (best)6.38□□□□□ -1.394e-9■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 CCAR1-213ENST00000541012 2432 ntTSL 1 (best)6.08□□□□□ -1.444e-9■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 CCAR1-215ENST00000543229 2475 ntTSL 25.66□□□□□ -1.54e-9■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 NAP1L1-211ENST00000547969 543 ntTSL 47.52□□□□□ -1.212e-13■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.287e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 LUC7L3-208ENST00000505658 7040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.9□□□□□ -0.827e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-220ENST00000509601 543 ntTSL 416.67■□□□□ 0.265e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.075e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-205ENST00000328159 1771 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.085e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-206ENST00000330188 2108 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.135e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-219ENST00000509409 1248 ntTSL 214.23□□□□□ -0.135e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-211ENST00000368531 1115 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.285e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-202ENST00000302206 741 ntTSL 3 BASIC11.64□□□□□ -0.555e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-223ENST00000611659 3149 ntTSL 3 BASIC11.63□□□□□ -0.555e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-204ENST00000323144 1088 ntTSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.595e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-212ENST00000368533 3131 ntTSL 1 (best) BASIC10.33□□□□□ -0.765e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-207ENST00000341372 2007 ntTSL 5 BASIC9.6□□□□□ -0.875e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-210ENST00000368530 1523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.53□□□□□ -0.885e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-201ENST00000271850 1219 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.17□□□□□ -1.15e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-215ENST00000469717 4041 ntTSL 27.68□□□□□ -1.185e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 TPM3-203ENST00000312970 750 ntTSL 57.51□□□□□ -1.215e-7■□□□□ 10.7
CPSF6Q16630 RAD50-209ENST00000533482 4373 ntTSL 1 (best)12.44□□□□□ -0.422e-6■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 AC116366.3-201ENST00000638452 7893 ntAPPRIS ALT2 TSL 512.19□□□□□ -0.462e-6■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 RAD50-201ENST00000378823 8306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.612e-6■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 AC116366.3-203ENST00000639899 8173 ntTSL 57.91□□□□□ -1.142e-6■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 AC116366.3-205ENST00000640655 8032 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.39□□□□□ -1.232e-6■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 AC116366.3-202ENST00000638568 7956 ntAPPRIS ALT2 TSL 56.4□□□□□ -1.382e-6■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 AC116366.3-204ENST00000638504 7262 ntAPPRIS P5 TSL 56.22□□□□□ -1.412e-6■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 MALAT1-217ENST00000620902 352 ntTSL 3 BASIC11.62□□□□□ -0.551e-323■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.718e-8■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 TAF7-202ENST00000624699 517 ntTSL 38.07□□□□□ -1.128e-8■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 RFC4-202ENST00000392481 1448 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.1□□□□□ -0.632e-9■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 RFC4-201ENST00000296273 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.852e-9■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 RFC4-207ENST00000433496 1111 ntTSL 5 BASIC8.97□□□□□ -0.972e-9■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 RFC4-212ENST00000479307 1043 ntTSL 27.39□□□□□ -1.232e-9■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 RFC4-204ENST00000417876 479 ntTSL 27.17□□□□□ -1.262e-9■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 EHMT2-204ENST00000395728 4129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.214e-8■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 EHMT2-202ENST00000375530 3856 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.264e-8■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 EHMT2-203ENST00000375537 3965 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.274e-8■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 EHMT2-201ENST00000375528 4047 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.284e-8■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 EHMT2-211ENST00000480912 3940 ntTSL 510.98□□□□□ -0.654e-8■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 STXBP5-202ENST00000367475 521 ntTSL 510.06□□□□□ -0.88e-9■□□□□ 10.5
CPSF6Q16630 STXBP5-205ENST00000392291 791 ntTSL 57.83□□□□□ -1.168e-9■□□□□ 10.5
CPSF6Q16630 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.835e-18■□□□□ 10.5
CPSF6Q16630 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.415e-18■□□□□ 10.5
CPSF6Q16630 CHD4-209ENST00000542717 204 ntTSL 32.63□□□□□ -1.999e-13■□□□□ 10.5
CPSF6Q16630 DCAF13-209ENST00000616836 2639 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.214e-7■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 DCAF13-201ENST00000297579 2642 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.364e-7■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 DCAF13-208ENST00000612750 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.02□□□□□ -0.814e-7■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 DCAF13-202ENST00000518554 5300 ntTSL 26.96□□□□□ -1.294e-7■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 DCAF13-207ENST00000611541 3496 nt4.12□□□□□ -1.754e-7■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 VIRMA-202ENST00000421249 3924 ntTSL 1 (best) BASIC6.41□□□□□ -1.382e-8■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 VIRMA-201ENST00000297591 6528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.35□□□□□ -1.712e-8■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 TRIM44-201ENST00000299413 12964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.98□□□□□ -0.813e-18■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.791e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.731e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.671e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.271e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 PUS7-204ENST00000481939 2436 ntTSL 516.57■□□□□ 0.241e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.011e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 WDR33-201ENST00000322313 9471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.151e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 RAB28-205ENST00000508274 1551 ntTSL 1 (best)13.27□□□□□ -0.291e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 WDR33-205ENST00000436787 822 ntTSL 512.73□□□□□ -0.371e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 PUS7-201ENST00000356362 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.63□□□□□ -0.711e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 DNAJC2-211ENST00000492497 2167 ntTSL 210.58□□□□□ -0.721e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 WDR33-202ENST00000393006 3574 ntTSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.721e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 NCOR1-223ENST00000583226 614 ntTSL 59.07□□□□□ -0.961e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 RAB28-207ENST00000511649 715 ntTSL 57.12□□□□□ -1.271e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 DNAJC2-209ENST00000475090 480 ntTSL 55.3□□□□□ -1.561e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 TOP2A-201ENST00000423485 5758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.23□□□□□ -1.891e-6■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 ZRANB2-202ENST00000370920 3078 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.35□□□□□ -0.915e-10■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 ZRANB2-201ENST00000254821 2821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.06□□□□□ -1.65e-10■□□□□ 10.4
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