Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULL8

SHROOM4, Protein Shroom4, humanhuman

Predictions only

Length 1,493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHROOM4Q9ULL8 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC56.49■■■■■ 6.63
SHROOM4Q9ULL8 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC56.49■■■■■ 6.63
SHROOM4Q9ULL8 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC56.49■■■■■ 6.63
SHROOM4Q9ULL8 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC56.47■■■■■ 6.63
SHROOM4Q9ULL8 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC56.47■■■■■ 6.63
SHROOM4Q9ULL8 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC56.44■■■■■ 6.63
SHROOM4Q9ULL8 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC56.42■■■■■ 6.62
SHROOM4Q9ULL8 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC56.4■■■■■ 6.62
SHROOM4Q9ULL8 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC56.39■■■■■ 6.62
SHROOM4Q9ULL8 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC56.37■■■■■ 6.61
SHROOM4Q9ULL8 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC56.37■■■■■ 6.61
SHROOM4Q9ULL8 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC56.36■■■■■ 6.61
SHROOM4Q9ULL8 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC56.34■■■■■ 6.61
SHROOM4Q9ULL8 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC56.33■■■■■ 6.61
SHROOM4Q9ULL8 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC56.18■■■■■ 6.58
SHROOM4Q9ULL8 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC56.16■■■■■ 6.58
SHROOM4Q9ULL8 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC56.11■■■■■ 6.57
SHROOM4Q9ULL8 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC56.06■■■■■ 6.56
SHROOM4Q9ULL8 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC55.99■■■■■ 6.55
SHROOM4Q9ULL8 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55.94■■■■■ 6.55
SHROOM4Q9ULL8 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC55.92■■■■■ 6.54
SHROOM4Q9ULL8 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC55.81■■■■■ 6.52
SHROOM4Q9ULL8 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC55.73■■■■■ 6.51
SHROOM4Q9ULL8 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC55.7■■■■■ 6.51
SHROOM4Q9ULL8 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55.64■■■■■ 6.5
SHROOM4Q9ULL8 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55.64■■■■■ 6.5
SHROOM4Q9ULL8 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC55.63■■■■■ 6.5
SHROOM4Q9ULL8 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55.62■■■■■ 6.49
SHROOM4Q9ULL8 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC55.58■■■■■ 6.49
SHROOM4Q9ULL8 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC55.53■■■■■ 6.48
SHROOM4Q9ULL8 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC55.51■■■■■ 6.48
SHROOM4Q9ULL8 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC55.45■■■■■ 6.47
SHROOM4Q9ULL8 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55.42■■■■■ 6.46
SHROOM4Q9ULL8 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC55.37■■■■■ 6.45
SHROOM4Q9ULL8 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC55.36■■■■■ 6.45
SHROOM4Q9ULL8 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC55.34■■■■■ 6.45
SHROOM4Q9ULL8 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC55.31■■■■■ 6.45
SHROOM4Q9ULL8 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55.29■■■■■ 6.44
SHROOM4Q9ULL8 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC55.24■■■■■ 6.43
SHROOM4Q9ULL8 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC55.21■■■■■ 6.43
SHROOM4Q9ULL8 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC55.21■■■■■ 6.43
SHROOM4Q9ULL8 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55.18■■■■■ 6.42
SHROOM4Q9ULL8 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55.16■■■■■ 6.42
SHROOM4Q9ULL8 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55.16■■■■■ 6.42
SHROOM4Q9ULL8 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC55.11■■■■■ 6.41
SHROOM4Q9ULL8 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC55.1■■■■■ 6.41
SHROOM4Q9ULL8 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55.09■■■■■ 6.41
SHROOM4Q9ULL8 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55.06■■■■■ 6.41
SHROOM4Q9ULL8 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC55.05■■■■■ 6.4
SHROOM4Q9ULL8 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC55.05■■■■■ 6.4
SHROOM4Q9ULL8 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC54.99■■■■■ 6.39
SHROOM4Q9ULL8 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC54.99■■■■■ 6.39
SHROOM4Q9ULL8 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC54.98■■■■■ 6.39
SHROOM4Q9ULL8 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC54.96■■■■■ 6.39
SHROOM4Q9ULL8 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC54.93■■■■■ 6.38
SHROOM4Q9ULL8 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.92■■■■■ 6.38
SHROOM4Q9ULL8 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.9■■■■■ 6.38
SHROOM4Q9ULL8 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC54.86■■■■■ 6.37
SHROOM4Q9ULL8 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC54.84■■■■■ 6.37
SHROOM4Q9ULL8 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC54.8■■■■■ 6.36
SHROOM4Q9ULL8 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.8■■■■■ 6.36
SHROOM4Q9ULL8 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC54.78■■■■■ 6.36
SHROOM4Q9ULL8 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC54.74■■■■■ 6.35
SHROOM4Q9ULL8 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC54.74■■■■■ 6.35
SHROOM4Q9ULL8 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.73■■■■■ 6.35
SHROOM4Q9ULL8 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC54.73■■■■■ 6.35
SHROOM4Q9ULL8 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC54.71■■■■■ 6.35
SHROOM4Q9ULL8 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC54.63■■■■■ 6.34
SHROOM4Q9ULL8 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC54.6■■■■■ 6.33
SHROOM4Q9ULL8 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.6■■■■■ 6.33
SHROOM4Q9ULL8 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC54.59■■■■■ 6.33
SHROOM4Q9ULL8 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC54.58■■■■■ 6.33
SHROOM4Q9ULL8 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC54.48■■■■■ 6.31
SHROOM4Q9ULL8 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC54.42■■■■■ 6.3
SHROOM4Q9ULL8 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.42■■■■■ 6.3
SHROOM4Q9ULL8 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC54.41■■■■■ 6.3
SHROOM4Q9ULL8 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC54.41■■■■■ 6.3
SHROOM4Q9ULL8 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC54.35■■■■■ 6.29
SHROOM4Q9ULL8 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.35■■■■■ 6.29
SHROOM4Q9ULL8 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC54.32■■■■■ 6.29
SHROOM4Q9ULL8 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC54.31■■■■■ 6.29
SHROOM4Q9ULL8 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC54.31■■■■■ 6.28
SHROOM4Q9ULL8 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC54.31■■■■■ 6.28
SHROOM4Q9ULL8 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC54.29■■■■■ 6.28
SHROOM4Q9ULL8 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.28■■■■■ 6.28
SHROOM4Q9ULL8 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.22■■■■■ 6.27
SHROOM4Q9ULL8 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.21■■■■■ 6.27
SHROOM4Q9ULL8 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC54.2■■■■■ 6.27
SHROOM4Q9ULL8 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.18■■■■■ 6.26
SHROOM4Q9ULL8 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC54.17■■■■■ 6.26
SHROOM4Q9ULL8 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC54.13■■■■■ 6.26
SHROOM4Q9ULL8 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC54.11■■■■■ 6.25
SHROOM4Q9ULL8 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.08■■■■■ 6.25
SHROOM4Q9ULL8 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.07■■■■■ 6.25
SHROOM4Q9ULL8 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC54.07■■■■■ 6.25
SHROOM4Q9ULL8 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC54.06■■■■■ 6.24
SHROOM4Q9ULL8 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.03■■■■■ 6.24
SHROOM4Q9ULL8 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC54.02■■■■■ 6.24
SHROOM4Q9ULL8 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.01■■■■■ 6.24
SHROOM4Q9ULL8 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC53.98■■■■■ 6.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms