Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 NFE2L1-201ENST00000357480 4672 ntTSL 1 (best) BASIC12.62□□□□□ -0.395e-20■■■■■ 103.5
UPF1Q92900 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.212e-7■■■■■ 103.4
UPF1Q92900 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.71e-39■■■■■ 103.1
UPF1Q92900 WWP2-207ENST00000566463 1971 ntTSL 216.16■□□□□ 0.187e-23■■■■■ 101.5
UPF1Q92900 WWP2-203ENST00000544162 2723 ntTSL 212□□□□□ -0.497e-23■■■■■ 101.5
UPF1Q92900 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.811e-8■■■■■ 100.4
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UPF1Q92900 MRPS16-205ENST00000479005 2580 ntTSL 216.52■□□□□ 0.234e-14■■■■■ 100.1
UPF1Q92900 MRPS16-202ENST00000372945 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.074e-14■■■■■ 100.1
UPF1Q92900 FAM129B-206ENST00000478917 362 ntTSL 519.43■□□□□ 0.74e-14■■■■■ 100
UPF1Q92900 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.294e-14■■■■■ 100
UPF1Q92900 FAM129B-202ENST00000373314 3760 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.194e-14■■■■■ 100
UPF1Q92900 NFE2L1-218ENST00000583378 2051 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.023e-23■■■■■ 97.4
UPF1Q92900 SH3BP5-204ENST00000412806 1900 ntTSL 524.63■■□□□ 1.532e-10■■■■■ 97.4
UPF1Q92900 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.152e-10■■■■■ 97.4
UPF1Q92900 SERPINA5-203ENST00000553780 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.44□□□□□ -0.19e-16■■■■■ 97.4
UPF1Q92900 LASP1-209ENST00000585841 1408 ntTSL 224.74■■□□□ 1.558e-32■■■■■ 96.7
UPF1Q92900 SERPINA5-208ENST00000554866 2211 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.333e-10■■■■■ 96.5
UPF1Q92900 SERPINA5-205ENST00000554276 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.453e-10■■■■■ 96.5
UPF1Q92900 SERPINA5-201ENST00000329597 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.53e-10■■■■■ 96.5
UPF1Q92900 OGDH-207ENST00000449767 3479 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC9.35□□□□□ -0.917e-18■■■■■ 96.4
UPF1Q92900 TMEM222-209ENST00000498220 679 ntTSL 39.98□□□□□ -0.816e-25■■■■■ 95.9
UPF1Q92900 TM9SF4-206ENST00000479591 566 ntTSL 214.78□□□□□ -0.042e-54■■■■■ 95.7
UPF1Q92900 AL591806.3-201ENST00000289779 2096 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.452e-24■■■■■ 94.9
UPF1Q92900 TIMP2-205ENST00000592761 2433 ntTSL 1 (best)15.24■□□□□ 0.031e-57■■■■■ 94.9
UPF1Q92900 SSR3-201ENST00000265044 3716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.51□□□□□ -0.735e-13■■■■■ 94.7
UPF1Q92900 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.026e-40■■■■■ 94.3
UPF1Q92900 COMMD4-213ENST00000565834 1671 ntTSL 523.08■■□□□ 1.297e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.187e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-206ENST00000562610 850 ntTSL 322.4■■□□□ 1.187e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.047e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-208ENST00000563220 1897 ntTSL 221.37■■□□□ 1.017e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-202ENST00000338995 722 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 17e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 17e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-201ENST00000267935 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 17e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-221ENST00000567935 502 ntTSL 321.12■□□□□ 0.977e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-225ENST00000569245 867 ntTSL 220.32■□□□□ 0.847e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-215ENST00000566843 2284 ntTSL 216.57■□□□□ 0.247e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-209ENST00000564068 4204 nt13.04□□□□□ -0.327e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-203ENST00000480484 3225 ntTSL 1 (best)10.84□□□□□ -0.677e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 GTF3C1-207ENST00000567806 584 ntTSL 427.96■■■□□ 2.079e-15■■■■■ 92.4
UPF1Q92900 USP22-202ENST00000455117 677 ntTSL 514.8□□□□□ -0.042e-14■■■■■ 92.3
UPF1Q92900 CLUH-211ENST00000575014 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 517.89■□□□□ 0.461e-17■■■■■ 91.9
UPF1Q92900 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.261e-17■■■■■ 91.9
UPF1Q92900 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.031e-17■■■■■ 91.9
UPF1Q92900 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.043e-32■■■■■ 91.7
UPF1Q92900 OGDH-206ENST00000447398 3474 ntTSL 5 BASIC9.27□□□□□ -0.939e-18■■■■■ 91.5
UPF1Q92900 HIST1H2BD-201ENST00000289316 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.86□□□□□ -0.997e-23■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.89e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.529e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.519e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.59e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.439e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.249e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.249e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-205ENST00000357197 2653 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.239e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 CRCP-207ENST00000492264 731 ntTSL 312.42□□□□□ -0.424e-25■■■■■ 91
UPF1Q92900 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.153e-14■■■■■ 90.9
UPF1Q92900 CLDN4-203ENST00000435050 4163 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.333e-14■■■■■ 90.9
UPF1Q92900 CLDN4-202ENST00000431918 4108 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.83□□□□□ -0.523e-14■■■■■ 90.9
UPF1Q92900 DOLPP1-204ENST00000412363 911 ntTSL 522.23■■□□□ 1.151e-17■■■■■ 90.9
UPF1Q92900 PTBP1-210ENST00000586944 4661 ntTSL 217.32■□□□□ 0.361e-28■■■■■ 90.9
UPF1Q92900 CDC34-205ENST00000606065 1062 ntTSL 531.9■■■□□ 2.71e-9■■■■■ 90.5
UPF1Q92900 CDC34-206ENST00000606400 899 ntTSL 224.47■■□□□ 1.511e-9■■■■■ 90.5
UPF1Q92900 CDC34-202ENST00000586283 1147 ntTSL 324.42■■□□□ 1.51e-9■■■■■ 90.5
UPF1Q92900 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.224e-7■■■■■ 89.4
UPF1Q92900 MFSD2B-205ENST00000495018 1156 ntTSL 1 (best)16.88■□□□□ 0.294e-7■■■■■ 89.4
UPF1Q92900 MFSD2B-204ENST00000469562 2613 ntTSL 1 (best)15.6■□□□□ 0.094e-7■■■■■ 89.4
UPF1Q92900 MFSD2B-201ENST00000338315 2850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.074e-7■■■■■ 89.4
UPF1Q92900 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.415e-15■■■■■ 89.4
UPF1Q92900 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.917e-8■■■■■ 89.1
UPF1Q92900 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.778e-27■■■■■ 88.3
UPF1Q92900 LYPLA2-210ENST00000495365 842 ntTSL 222.71■■□□□ 1.234e-11■■■■■ 88.2
UPF1Q92900 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.984e-11■■■■■ 88.2
UPF1Q92900 SEC61A1-202ENST00000424880 3238 ntTSL 2 BASIC12.01□□□□□ -0.497e-17■■■■■ 87.7
UPF1Q92900 SEC61A1-205ENST00000483956 3046 ntTSL 1 (best)11.94□□□□□ -0.57e-17■■■■■ 87.7
UPF1Q92900 SEC61A1-201ENST00000243253 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.74□□□□□ -0.537e-17■■■■■ 87.7
UPF1Q92900 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.795e-35■■■■■ 87.6
UPF1Q92900 ECE1-202ENST00000357071 3763 ntTSL 1 (best) BASIC10.69□□□□□ -0.78e-16■■■■■ 87
UPF1Q92900 DAB2IP-202ENST00000309989 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.275e-50■■■■■ 86.9
UPF1Q92900 PACSIN3-209ENST00000532457 1845 ntTSL 527.98■■■□□ 2.073e-18■■■■■ 86.9
UPF1Q92900 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.663e-18■■■■■ 86.9
UPF1Q92900 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.393e-18■■■■■ 86.9
UPF1Q92900 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.091e-20■■■■■ 86.8
UPF1Q92900 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.692e-267■■■■■ 85.9
UPF1Q92900 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.126e-17■■■■■ 85.8
UPF1Q92900 TMEM9-210ENST00000495205 971 ntTSL 517.57■□□□□ 0.41e-323■■■■■ 84.9
UPF1Q92900 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.42e-22■■■■■ 84.8
UPF1Q92900 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.42e-22■■■■■ 84.8
UPF1Q92900 PSMB2-201ENST00000373237 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.328e-10■■■■■ 84.5
UPF1Q92900 PSMB2-202ENST00000621781 4217 ntTSL 1 (best) BASIC6.56□□□□□ -1.368e-10■■■■■ 84.5
UPF1Q92900 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.252e-20■■■■■ 84.4
UPF1Q92900 SEMA7A-202ENST00000542748 3228 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.182e-20■■■■■ 84.4
UPF1Q92900 OGDH-203ENST00000439616 2962 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.161e-17■■■■■ 84.3
UPF1Q92900 SERPINE1-201ENST00000223095 3190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.48□□□□□ -0.739e-25■■■■■ 83.9
UPF1Q92900 JUN-201ENST00000371222 3540 ntAPPRIS P1 BASIC14.53□□□□□ -0.087e-9■■■■■ 83.8
UPF1Q92900 LAMP1-203ENST00000472564 5242 ntTSL 217.01■□□□□ 0.311e-10■■■■■ 83.7
UPF1Q92900 HYOU1-218ENST00000614668 1569 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.662e-11■■■■■ 83.5
UPF1Q92900 HYOU1-219ENST00000614711 3057 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.242e-11■■■■■ 83.5
UPF1Q92900 HYOU1-220ENST00000617285 4529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.252e-11■■■■■ 83.5
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