Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
LHX3Q9UBR4 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms