Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC54Q8NEL0 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms