Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
UBE3DQ7Z6J8 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
UBE3DQ7Z6J8 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
UBE3DQ7Z6J8 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
UBE3DQ7Z6J8 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
UBE3DQ7Z6J8 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
UBE3DQ7Z6J8 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
UBE3DQ7Z6J8 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
UBE3DQ7Z6J8 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
UBE3DQ7Z6J8 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
UBE3DQ7Z6J8 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
UBE3DQ7Z6J8 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
UBE3DQ7Z6J8 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms