Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
PKNOX1P55347 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms