Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5I3

PCDHA1, Protocadherin alpha-1, humanhuman

Predictions only

Length 950 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHA1Q9Y5I3 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.54■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27.54■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
PCDHA1Q9Y5I3 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
PCDHA1Q9Y5I3 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC27.4■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
PCDHA1Q9Y5I3 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms