Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

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Length 660 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
ZNF540Q8NDQ6 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
ZNF540Q8NDQ6 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
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