Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP4Q13107 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP4Q13107 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP4Q13107 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP4Q13107 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP4Q13107 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
USP4Q13107 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25■■□□□ 1.59
USP4Q13107 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
USP4Q13107 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
USP4Q13107 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP4Q13107 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP4Q13107 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP4Q13107 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP4Q13107 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP4Q13107 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP4Q13107 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
USP4Q13107 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP4Q13107 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP4Q13107 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP4Q13107 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP4Q13107 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP4Q13107 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP4Q13107 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP4Q13107 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP4Q13107 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP4Q13107 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP4Q13107 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP4Q13107 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP4Q13107 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP4Q13107 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP4Q13107 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP4Q13107 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP4Q13107 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP4Q13107 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP4Q13107 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP4Q13107 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
USP4Q13107 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP4Q13107 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP4Q13107 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP4Q13107 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP4Q13107 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
USP4Q13107 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
USP4Q13107 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP4Q13107 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP4Q13107 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP4Q13107 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP4Q13107 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP4Q13107 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP4Q13107 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP4Q13107 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP4Q13107 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP4Q13107 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP4Q13107 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP4Q13107 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP4Q13107 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP4Q13107 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP4Q13107 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP4Q13107 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP4Q13107 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP4Q13107 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP4Q13107 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP4Q13107 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP4Q13107 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP4Q13107 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP4Q13107 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP4Q13107 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP4Q13107 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP4Q13107 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP4Q13107 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP4Q13107 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP4Q13107 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP4Q13107 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP4Q13107 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP4Q13107 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP4Q13107 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP4Q13107 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP4Q13107 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP4Q13107 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP4Q13107 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP4Q13107 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP4Q13107 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP4Q13107 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP4Q13107 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
USP4Q13107 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP4Q13107 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP4Q13107 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP4Q13107 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP4Q13107 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP4Q13107 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP4Q13107 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP4Q13107 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP4Q13107 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP4Q13107 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP4Q13107 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP4Q13107 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP4Q13107 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP4Q13107 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP4Q13107 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP4Q13107 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP4Q13107 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
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